Question

当我处理大量数据集时，我收到的数据已经很少了。我以常规方式加载它，我的矩阵'smskin'属于类：

    Formal class 'dsCMatrix' [package "Matrix"] with 7 slots
      ..@ i       : int [1:57263] 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 ...
      ..@ p       : int [1:26018] 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 ...
      ..@ Dim     : int [1:2] 26017 26017
      ..@ Dimnames:List of 2
      .. ..$ : NULL
      .. ..$ : NULL
      ..@ x       : num [1:57263] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
      ..@ uplo    : chr "U"
      ..@ factors : list()

我的矩阵是26000x26000，所有对角线值都是1，虽然我想摆脱它们以节省一些额外的空间。我这样做 diag（smskin）= 0 现在，为了节省更多空间，我想将这些零值转换为。稀疏的位置。所以我这样做 new.smskin = Matrix（smskin，sparse = TRUE）但是，当我查看对角线的输出时，结果是

    10 x 10 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
        [1,] 0 . . . . . . . . .
        [2,] . 0 . . . . . . . .
        [3,] . . 0 . . . . . . .
        [4,] . . . 0 . . . . . .
        [5,] . . . . 0 . . . . .
        [6,] . . . . . 0 . . . .
        [7,] . . . . . . 0 . . .
        [8,] . . . . . . . 0 . .
        [9,] . . . . . . . . 0 .
        [10,] . . . . . . . . . 0

看起来0值不被接受为稀疏值。我不确定我需要做什么，但我真的需要这个对角线也是稀疏的。

最佳， ž

Answer 1

有点像黑客攻击，但如果你将它乘以自己的逻辑掩码，它将解决问题：

#Setting up smskin
smskin<-rsparsematrix(nrow=26000,ncol=26000,density=0)
diag(smskin)<-1
str(smskin)
Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots
  ..@ i       : int [1:26000] 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 ...
  ..@ p       : int [1:26001] 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 ...
  ..@ Dim     : int [1:2] 26000 26000
  ..@ Dimnames:List of 2
  .. ..$ : NULL
  .. ..$ : NULL
  ..@ x       : num [1:26000] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
  ..@ factors : list()
#
diag(smskin)<-0
str(smskin)
Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots
  ..@ i       : int [1:26000] 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 ...
  ..@ p       : int [1:26001] 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 ...
  ..@ Dim     : int [1:2] 26000 26000
  ..@ Dimnames:List of 2
  .. ..$ : NULL
  .. ..$ : NULL
  ..@ x       : num [1:26000] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
  ..@ factors : list()
smskin<-((smskin!=0)*smskin)
str(smskin)
Formal class 'dgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots
  ..@ i       : int(0) 
  ..@ p       : int [1:26001] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
  ..@ Dim     : int [1:2] 26000 26000
  ..@ Dimnames:List of 2
  .. ..$ : NULL
  .. ..$ : NULL
  ..@ x       : num(0) 
  ..@ factors : list()

Answer 2

目前尚不清楚为何有时会发生这种情况。但是，Matrix包中提供了一个功能来修复它：drop0。

smskin<-drop0(smskin)

最初的稀疏矩阵不会将新的零值转换为稀疏值

2 个答案: