R：具有垂直线的简单散点图

Question

我想建立一个像这样的散点图：http://www.cbioportal.org/public-portal/images/previews/tp53_mutations.png，其中每个点都有一个圆+垂直线。

我发现的最接近的是http://www.statmethods.net/graphs/images/s3d2.png，来自library(scatterplot3d)的3D散点图，但我只有x，y。你对库/功能/选项有什么建议吗？感谢。

Answer 1

基础图形也相当容易（y轴下方的彩色框有点棘手）：

op <- par(ps=10)

par(mar=c(2, 3.5, 2, 1))
plot(x, y, ylim=c(-10, max(y)), t="n", axes=FALSE, ann=FALSE)
axis(1)
axis(2, at=pretty(c(0, max(y))))
mtext("# Mutations", side=2, line=2.5)
mtext("P53_Human", side=3, line=0.5, adj=0, font=2)
segments(x0=x, y0=y, y1=0, col=8)
points(x, y, pch=21, col=1, bg=2)

usr <- par()$usr
rect(usr[1], -8, usr[2], -1, col=8, border=NA)
rect(10, -10, 30, 1, col=rgb(0,1,0), border=rgb(0,0.8,0))
text(20, -5, label="P53", col="white")
rect(90, -10, 280, 1, col=rgb(1,0,0), border=rgb(0.8,0,0))
text(180, -5, label="P53", col="white")
rect(320, -10, 360, 1, col=rgb(0,0,1), border=rgb(0,0,0.8))
text(340, -5, label="P53", col="white")

par(op)

Answer 2

最简单的解决方案只需一个圆圈＆amp;垂直线问：

vnum2 = runif(50, 0,1)
plot(1:50, vnum2)
segments(1:50, 0, 1:50, vnum2)

Answer 3

您可以使用ggplot2轻松完成此操作。例如

library(ggplot2)
ggplot() + geom_point(aes(x=disp, y=wt), colour = "red", size = 6, data=mtcars) + 
   geom_segment(aes(x=disp, xend=disp, y=0, yend=wt), data=mtcars)