Question

检查这个例子：

> a = matrix(1:9, nrow = 3, ncol = 3, dimnames = list(LETTERS[1:3], LETTERS[1:3]))
> a
  A B C
A 1 4 7
B 2 5 8
C 3 6 9

表格显示正确。有两种不同的方法可以将其写入文件...

write.csv(a, 'a.csv')符合预期：

"","A","B","C"
"A",1,4,7
"B",2,5,8
"C",3,6,9

和write.table(a, 'a.txt')搞砸了

"A" "B" "C"
"A" 1 4 7
"B" 2 5 8
"C" 3 6 9

实际上，缺少一个空的标签....这对下游事物的屁股很痛苦。这是一个错误还是一个功能？有解决方法吗？（write.table(cbind(rownames(a), a), 'a.txt', row.names=FALSE除外）

干杯，的Yannick

Answer 1

引用?write.table部分 CSV文件：

默认情况下，没有列名一列行名。如果col.names = NA和row.names = TRUE为空白列名称被添加，即用于CSV文件的约定通过电子表格阅读。

所以你必须这样做

write.table(a, 'a.txt', col.names=NA)

你得到了

"" "A" "B" "C"
"A" 1 4 7
"B" 2 5 8
"C" 3 6 9

Answer 2

略微修改@Marek非常有帮助的答案会在rownames列中添加一个标题：暂时将rownames添加为data.frame中的第一列，并写下它，忽略真正的rownames。

> a = matrix(1:9, nrow = 3, ncol = 3, dimnames = list(LETTERS[1:3], LETTERS[1:3]))
> write.table(data.frame("H"=rownames(a),a),"a.txt", row.names=FALSE)

你得到了

"H" "A" "B" "C"
"A" 1 4 7
"B" 2 5 8
"C" 3 6 9

Answer 3

对于在tidyverse（dplyr等）工作的任何人，tibble包中的rownames_to_column()函数可用于轻松地将row.names转换为列，例如：

library('tibble')
a = as.data.frame(matrix(1:9, nrow=3, ncol=3, 
                  dimnames=list(LETTERS[1:3], LETTERS[1:3])))

a %>% rownames_to_column('my_id')

  my_id A B C
1     A 1 4 7
2     B 2 5 8
3     C 3 6 9

将此与row.names=FALSE中的write.table()选项相结合，会产生包含所有列标题名称的输出。

Answer 4

对于那些在使用write.table()保存矩阵并且想要保留row.names列时遇到相同问题的人，实际上有一个非常简单的解决方案：

 write.table(matrix,file="file.csv",quote=F,sep=";", row.names=T
             col.names=c("row_name_col;val1_col","val2_col"))

通过这样做，您基本上欺骗write.table函数为row.names列创建标题标签。生成的.csv文件如下所示：

row_name_col;val1_col;val2_col
row1;1;4 
row2;2;5 
row3;3;6

Answer 5

我从@mnel修改了一个简单的函数，它通过使用连接增加了灵活性。这是功能：

my.write <- function(x, file, header, f = write.csv, ...){
# create and open the file connection
datafile <- file(file, open = 'wt')
# close on exit 
on.exit(close(datafile))
# if a header is defined, write it to the file (@CarlWitthoft's suggestion)
if(!missing(header)) {
writeLines(header,con=datafile, sep='\t')
writeLines('', con=datafile, sep='\n')
}
# write the file using the defined function and required addition arguments  
f(x, datafile,...)
}

您可以将功能指定为＆＃39; write.table＆＃39;，＆＃39; write.csv＆＃39;，＆＃39; write.delim＆＃39;等

干杯！

当有rownames时，write.table会将不需要的前导空列写入标题

5 个答案: