阻止slurm sbatch从复制脚本到计算节点

Question

有没有办法阻止sbatch将脚本复制到计算节点。例如，当我跑：

sbatch --mem=300 /shared_between_all_nodes/test.sh

test.sh被复制到执行计算节点上的/ var / lib / slurm-llnl / slurmd / etc /。这样做的问题是/ shared_between_all_nodes /中有其他脚本需要使用test.sh，我想避免对路径进行硬编码。

在sge中，我可以使用qsub -b y来阻止它将脚本复制到计算节点。在slurm中是否有类似的选项或配置？

Answer 1

使用sbatch --wrap是一个很好的解决方案

sbatch --wrap /shared_between_all_nodes/test.sh

如果脚本具有参数

，则需要

引号

sbatch --wrap "/shared_between_all_nodes/test.sh param1 param2"

来自sbatch docs http://slurm.schedmd.com/sbatch.html

  

- 涡卷=   Sbatch将指定的命令字符串包装在一个简单的“sh”shell脚本中，并将该脚本提交给slurm控制器。使用--wrap时，可能无法在命令行中指定脚本名称和参数;而是使用sbatch生成的包装器脚本。

Answer 2

可能会在那里复制脚本，但工作目录将是启动sbatch命令的目录。因此，如果从/shared_between_all_nodes/启动命令，它应该可以工作。

为了能够在任何地方提出sbatch表格，请使用此选项

   -D, --workdir=<directory>
          Set the working directory of the batch script to directory before 
          it is executed.

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sbatch --mem=300 -D /shared_between_all_nodes /shared_between_all_nodes/test.sh