我正在尝试使用ggplot2(更具体地说是ggdendro::ggdendrogram
)在R中生成一个合适的树形图,因为我想与我的合作者在图表上分享它,目前我认为不能用api生成一个带有情节的树状图。
我主要遇到了"轴"旋转树形图时标记:
require(ggplot2)
require(ggdendro)
hc<-hclust(dist(iris[,1:4]),method="ward.D2")
ggd<-ggdendrogram(hc,rotate=TRUE)
ggd+scale_y_reverse()
这会产生以下图表,其中刻度标签位于错误的一侧:
我想在执行plot(as.dendrogram(hc),horiz=TRUE)
时获得与R基础图形类似的结果
作为奖励,我希望能够单独为叶子(刻度)标签着色以及绘制rect.hclust
- 像盒子一样,但这不是绝对必要的。我确实知道我的方式有点ggplot2语法,所以不需要解释所有可能的解决方案。
如果相关请在下面找到我的sessionInfo()
,我在Ubuntu 12.04 LTS服务器上使用R到Rstudio服务器:
sessionInfo()
R version 3.1.0 (2014-04-10)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
locale:
[1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=C LC_COLLATE=C LC_MONETARY=C LC_MESSAGES=C LC_PAPER=C
[8] LC_NAME=C LC_ADDRESS=C LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=C LC_IDENTIFICATION=C
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
other attached packages:
[1] ggdendro_0.1-14 cluster_1.15.2 plotly_0.4 RJSONIO_1.2-0.2 RCurl_1.95-4.1 bitops_1.0-6 devtools_1.5
[8] extrafont_0.16 RColorBrewer_1.0-5 scales_0.2.4 vegan_2.0-10 lattice_0.20-29 permute_0.8-3 splitstackshape_1.2.0
[15] data.table_1.9.2 BurStMisc_1.00 reshape2_1.4 xlsx_0.5.5 xlsxjars_0.6.0 rJava_0.9-6 ggplot2_0.9.3.1
[22] plyr_1.8.1
loaded via a namespace (and not attached):
[1] MASS_7.3-32 Rcpp_0.11.1 Rttf2pt1_1.3 colorspace_1.2-4 digest_0.6.4 evaluate_0.5.5 extrafontdb_1.0 formatR_0.10 grid_3.1.0
[10] gtable_0.1.2 httr_0.3 knitr_1.6 labeling_0.2 memoise_0.2.1 munsell_0.4.2 parallel_3.1.0 proto_0.3-10 stringr_0.6.2
[19] tools_3.1.0 whisker_0.3-2