在SLURM sbatch脚本中使用Bash变量

Question

我正在尝试从另一个文件中获取值，并在SLURM提交脚本中使用它。但是，我得到的错误是该值是非数字的，换句话说，它没有被解除引用。

这是脚本：

#!/bin/bash
# This reads out the number of procs based on the decomposeParDict                                                                                          
numProcs=`awk '/numberOfSubdomains/ {print $2}' ./meshModel/decomposeParDict`
echo "NumProcs = $numProcs"

#SBATCH --job-name=SnappyHexMesh                                                                                                                            
#SBATCH --output=./logs/SnappyHexMesh.log                                                                                                                   
#                                                                                                                                                           
#SBATCH --ntasks=`$numProcs`                                                                                                                                
#SBATCH --time=240:00                                                                                                                                       
#SBATCH --mem-per-cpu=4000                                                                                                                                  

#First run blockMesh                                                                                                                                        
blockMesh

#Now decompose the mesh                                                                                                                                     
decomposePar

#Now run snappy in parallel                                                                                                                                 
mpirun -np $numProcs snappyHexMesh -parallel -overwrite

当我将其作为普通的Bash shell脚本运行时，它会正确打印出proc的数量并进行正确的mpirun调用。因此awk命令正确地解析了proc的数量，并且按预期取消引用变量。

但是，当我使用以下内容将其提交给SLURM时

sbatch myScript.sh

我收到错误：

sbatch: error: Invalid numeric value "`$numProcs`" for number of tasks.

任何人都可以帮忙吗？

Answer 1

这不起作用。运行时会发生什么

sbatch myscript.sh

是slurm为那些特殊的#SBATCH行解析脚本，生成一个作业记录，将批处理脚本存储在某个地方。批处理脚本仅在作业运行时执行。

因此，您需要以稍微不同的方式构建工作流程，并在提交作业之前首先计算所需的过程数量。请注意，您可以使用类似

的内容

sbatch -n $numProcs myscript.sh

，你不需要自动生成脚本（同样，mpirun应该能够自动获取你的分配中的proc数量，不需要使用“-np”）。

Answer 2

Slurm 停止处理脚本中第一行可执行代码的 #SBATCH 指令。对于 #SBATCH 指令不依赖于他们尝试在这些指令之上运行的代码的用户，只需将 #SBATCH 行放在顶部。

如果与 OP 一样，您的 sbatch 选项取决于您放置在它们上方的命令，请参阅其他答案以获取解决方法/解决方案。

<块引用>

批处理脚本可能包含以“#SBATCH”开头的选项之前 脚本中的任何可执行命令。 sbatch 将停止处理 进一步#SBATCH 指令一旦第一个非注释非空白 已到达脚本中的行。

来自sbatch docs，我的重点。