Question

我试图安装＆＃34; Rbowtie＆＃34;生物导电包。我在ubuntu 12.4 LTS上使用最新版本的R（3.1.0）在root模式下运行R.

我在这里做了什么（这适用于所有其他包）：

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("Rbowtie")

这是我收到的完整错误消息：

BioC_mirror: http://bioconductor.org
Using Bioconductor version 2.14 (BiocInstaller 1.14.2), R version
3.1.0.
Installing package(s) 'Rbowtie'
essai de l'URL 'http://bioconductor.org/packages/2.14/bioc/src/contrib/Rbowtie_1.4.4.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 880659 bytes (860 Kb)
URL ouverte
==================================================
downloaded 860 Kb

* installing *source* package ‘Rbowtie’ ...
** libs
** arch - 
g++ -O3 -m32 -DCOMPILER_OPTIONS="\"-O3 -m32  -Wl,--hash-style=both -DPOPCNT_CAPABILITY -       g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Wformat-security -Werror=format-  security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g   -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Wformat-security -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  \""  -Wl,--hash-style=both -DPOPCNT_CAPABILITY -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Wformat-security -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g   -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Wformat-security -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g    \
    -fno-strict-aliasing -DBOWTIE_VERSION="\"`cat VERSION`\"" -  DBUILD_HOST="\"`hostname`\"" -DBUILD_TIME="\"`date`\"" -DCOMPILER_VERSION="\"`g++ -v 2>&1 | tail -1`\"" -D_LARGEFILE_SOURCE -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_GNU_SOURCE  -DPREFETCH_LOCALITY=2 -DBOWTIE_MM -DBOWTIE_SHARED_MEM -DNDEBUG -Wall \
    -I SeqAn-1.1 -I third_party \
    -o bowtie-build ebwt_build.cpp \
    ccnt_lut.cpp ref_read.cpp alphabet.cpp shmem.cpp edit.cpp ebwt.cpp tinythread.cpp  bowtie_build_main.cpp \
    -lpthread 
ebwt.h: Assembler messages:
ebwt.h:1909: Error: invalid instruction suffix for `popcnt'
ebwt.h:1909: Error: invalid instruction suffix for `popcnt'
ebwt.h:1909: Error: invalid instruction suffix for `popcnt'
ebwt.h:1909: Error: invalid instruction suffix for `popcnt'
make: *** [bowtie-build] Erreur 1
ERROR: compilation failed for package ‘Rbowtie’
* removing ‘/home/retureau/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.1/Rbowtie’

The downloaded source packages are in
‘/tmp/Rtmp1qDuN3/downloaded_packages’
Message d'avis :
In install.packages(pkgs = pkgs, lib = lib, repos = repos, ...) :
installation of package ‘Rbowtie’ had non-zero exit status

感谢。

Answer 1

我在Bioconductor邮件列表中的讨论中添加了最终消息，并在此处提供了解决方案，因此最终在此页面上的人都知道了。

我已经更新了Rbowtie以包含由bowtie开发人员修复的应该允许在其他平台上进行编译。

Rbowtie版本1.4.5（发布）或1.5.5的更新（发展）应该解决这个问题。

祝福，迈克尔

来自bioconductor的Bowtie包/ R - 错误：包'Rbowtie'的编译失败

1 个答案: