我正在 R <3.1> 在 Windows 7 32位（以及运行Windows 8 64位的其他计算机上）构建一个软件包，我正在使用< strong> knitr 使用Markdown编写小插曲。我希望在CRAN上发布这个包，所以我使用R CMD检查来检查我的演示，数据集和小插图是否都表现正常。我把我的小插图保存为 .Rmd文件（而不是将它们放在包构建过程之外并将它们存放在inst / doc中），因为它们作为我的包的额外测试而且不是很好无论如何。
我的问题是 R CMD检查在构建我的小插图时失败，即使我运行R CMD构建然后R CMD INSTALL - 构建一切正常。查看日志文件，它似乎失败了，因为它试图评估我明确告诉knitr不评估的代码。作为一个通用的例子，如果我写
```{r example-chunk eval=c(1:3, 5:6), tidy=FALSE}
foo = 5
bar = 3
## don't evaluate the next line
file.show("i/dont/really/exist.csv")
## ok, start evaluating again
foobar = foo*bar
```
在.Rmd文件中，运行R CMD检查将失败，因为它将尝试评估第4行。但是，如果我运行R CMD build mypackage然后R CMD install --build，将正确评估chunk mypackage.tar.gz （我知道这是因为我可以访问我的Rlibs文件夹并在mypackage / doc中找到完美的html小插图。同样，如果运行R CMD Sweave，大块也将正确评估来构建小插图。
如果您想自己尝试一下，我正在构建的包（我遇到问题的地方）在Github上：https://github.com/mkoohafkan/flowdurr-edu。您可以查看raw / packagemaker.html以获取相关说明，希望它很简单（R代码贯穿制作包目录，构建帮助文件并将一些手动编辑的文件复制到包目录中）。 R CMD检查在我的所有晕影上失败：当构建flowdurr-datasets.Rmd时，它坚持用虚假路径评估一条线，即使我告诉它不要。在构建hspf-analysis.Rmd时，R CMD检查坚持评估我排除的行，因为它需要很长时间才能完成（使用rgenoud来拟合某些分布参数）。 R CMD检查也在vignette.Rmd上失败，但原因不同;我故意抛出错误来展示你可以对特定功能做些什么的例子，虽然knitr没有问题但是CMD检查确定了！
编辑：我的构建脚本受到了一些仇恨所以我制作了这个dummy package，它在我的两台机器上重现了这个问题。它说明了1）R CMD检查评估它不应该的线，2）R CMD检查不支持晕影中的错误评估，即使knitr会写错误输出而没有问题。
所以我想我的问题是：当进行小插图构建时，R CMD检查与R CMD Sweave和R CMD构建/安装的做法有何不同？有什么我可以做的做R CMD检查尊重knitr＆＃39; eval＆＃39;规格？ 注意如果我使用eval = FALSE，R CMD检查会尊重它，一切都很好;只有当我尝试选择性地评估一个块时才会出现问题。
答案 0 :(得分：5)
我在 knitr 开发版1.6.2中有added个晕影引擎，后缀为_notangle。对于原始的晕影引擎knitr::foo，您可以使用新引擎knitr::foo_notangle禁用纠缠（例如knitr::knitr_notangle，knitr::rmarkdown_notangle，...）。
如果您不想等待 knitr 的下一个版本在CRAN上（可能需要一段时间），您当然可以自己register一个包装晕影引擎。提示：您可以在tools::vignetteEngine(package = 'knitr')中使用现有引擎，这样您就不必完全重新定义 knitr 晕影引擎。
答案 1 :(得分：2)
问题似乎是more nuanced，而不是我原先的想法，所以这可能不会很快得到解决。我的解决方法是：
它并不理想，但现在它看起来是我的软件包通过CRAN检查的唯一途径。