Question

在调试和解决我的问题时，检索属性（Can I access R data objects' attributes without fully loading objects from file?），根据SO上的建议，我从使用save()和load()切换到{{1} }和saveRDS()，相应地。

我的调查（通过非交互式调试打印）显示以下内容：

在初始readRDS()之后，保存的对象包含相关属性;
在初始运行脚本后执行的交互式R会话，从保存的对象中显示属性的缺席;
上述调查结果解释了在下一次运行脚本期间无法检索所述属性，我最初错误地将其归因于saveRDS()和save/load行为。
< / LI>
为了在初始saveRDS/readRDS之后立即手动确认持久对象中存在属性（保存在.rds文件中），我决定使用saveRDS暂停在一个终端窗口中运行的批处理R脚本（scan在批处理R脚本中似乎不适用于此：
```
readLine
```
并在另一个终端窗口中，通过交互式R会话检查保存的对象。

但是，在批处理脚本按预期停止后，从交互式会话中的if (DEBUG) { cat("Press [Enter] to continue") key <- scan("stdin", character(), n=1) }文件加载已保存对象时，失败并显示以下消息：

.rds

以下输出描述了我在调查时的 R环境：

> load("../cache/SourceForge/ZGV2TGlua3M=.rds") Error: bad restore file magic number (file may be corrupted) -- no data loaded In addition: Warning message: file ‘ZGV2TGlua3M=.rds’ has magic number 'X' Use of save versions prior to 2 is deprecated

对我来说唯一合理的解释是，批处理会话（特别是通过> sessionInfo() R version 3.0.2 (2013-09-25) Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit) locale: [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8 LC_NUMERIC=C [3] LC_TIME=en_US.UTF-8 LC_COLLATE=en_US.UTF-8 [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8 LC_MESSAGES=en_US.UTF-8 [7] LC_PAPER=en_US.UTF-8 LC_NAME=C [9] LC_ADDRESS=C LC_TELEPHONE=C [11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C attached base packages: [1] stats graphics grDevices utils datasets methods base的暂停）以某种方式锁定或修改环境，这使得无法正确访问R对象来自交互式会话。也许这种情况存在其他可能的原因。 我非常感谢您解决此问题的任何帮助或建议！

更新：

在杀死批处理R脚本的进程（scan无响应后）之后，我再次尝试手动加载scan文件，由于没有暂停而期待成功在批处理脚本中。但令我惊讶的是，我收到了完全相同的错误消息。这让我认为.rds文件确实已损坏（可能是由于我通过反复按.rds来停止正在运行的批处理R脚本的做法 - 我需要提出更多内容＆＃34;温和＆＃34）。在找出停止正在运行的脚本的更好方法之后，我将尝试重现场景并在此报告。

更新2：

从缓存目录中删除所有（可能已损坏的）Ctrl-C文件并遵循上述方案（以批处理R脚本暂停的方式交互式加载R数据文件）后，输出显示完全相同的错误消息和以前一样在这一点上，我真的需要一个建议来弄清楚发生了什么。

UPADATE 3（保存对象）：

.rds

更新4（可重现的例子）：

assign(dataName, srdaGetData()) data <- as.name(dataName) # save hash of the request's SQL query as data object's attribute, # so that we can detect when configuration contains modified query attr(data, "SQL") <- base64(request) # save current data frame to RDS file saveRDS(data, rdataFile)

我希望保存library(RCurl) info <- "Important data" request <- "SELECT info FROM topSecret" dataName <- "sf.data.devLinks" rdataFile <- "/tmp/testAttr.rds" getData <- function() { return (info) } requestDigest <- base64(request) # check if the archive file has already been processed message("\nProcessing request \"", request, "\" ...\n") # read back the object with the attribute if (file.exists(rdataFile)) { # now check if request's SQL query hasn't been modified data <- readRDS(rdataFile) message("Retrieved object '", as.name(data), "', containing:\n") message(toString(data)) requestAttrib <- attr(data, "SQL", exact = TRUE) message("\nObject '", data, "' contains attribute:\n\"", base64(requestAttrib), "\"\n") if (identical(requestDigest, requestAttrib)) { message("Processing skipped: RDS file is up-to-date.\n") stop() } rm(data) } message("Saving results of request \"", request, "\" as R data object ...\n") assign(dataName, getData()) data <- as.name(dataName) # save hash of the request's SQL query as data object's attribute, # so that we can detect when configuration contains modified query attr(data, "SQL") <- base64(request) # save current data frame to RDS file saveRDS(data, rdataFile)变量的值，但代码会保存变量的名称。

Answer 1

如果您使用saveRDS保存某些内容，则等效的loading函数为readRDS / 如果您将save对象放入RData文件，则应使用load加载对象。

readRDS将允许您指定要加载的对象的名称。

load将objects加载到.RData文件中，并保留用于保存这些文件的名称。

如果"../cache/SourceForge/ZGV2TGlua3M=.rds"使用saveRDS保存，则

whatever <- readRDS("../cache/SourceForge/ZGV2TGlua3M=.rds")

会将对象加载为whatever

对未以load格式保存的文件运行.RData将导致您发布的错误消息。

尝试以交互方式加载由暂停的批处理脚本保存的数据文件时出错

1 个答案: