BioPython提交多个在线爆炸

Question

是否可以同时向Bio.Blast.NCBIWWW模块提交多个序列？我试图创建一个运行我的爆炸的功能，并使用多处理运行其中几个，但我认为NCBI服务器在一段时间后启动我，连接停止工作。

Answer 1

我不知道NCBI对他们的服务有什么样的限制，但您可能希望在本地安装BLAST并以这种方式运行查询。 Biopython支持本地BLAST：http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html#sec96

Answer 2

他们详细介绍了如何正确使用它：

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/Doc/node60.html

• 不要启动50个以上的线程。
• 在开始下一个BLID之前等待BLID的RID。

  

泛滥服务器可能会导致许多问题，最终我们可能会被迫阻止从没有警告的服务器的网站访问。我们强烈建议您限制脚本在服务器收到RID之前不发送请求。或者，请介绍一个＆＃34; sleep＆＃34;脚本中的命令，每三秒发送一次请求不少于一次。

Biopython会为您等待RID，但如果您启动多个查询，您肯定会被禁止。