从列表文件中对变量运行脚本

Question

我有一个脚本，其中包括以下步骤作为一系列基因组数据过滤器的第一步：

 --option ~/folder$1/file$1 --option2 ~/folder$1/file$1 --indv NA12775 --options...

脚本已经使用for循环来浏览文件夹/文件索引1-22。选项--indv采用字符串，即标识符。我有一个单独的列表文件，它只是＆＃34; indv＆＃34;的一列。标识符：

NA06984
NA06986
NA06989
NA06994
NA07000

我有很多这样的列表，我正在寻找一种解决方案，从我的列表文件中自动获取单个标识符，运行＆＃34; indv X＆＃34;然后取下一个连续的标识符并重复。类似于＆＃34;对于ID列表中的行，运行filter-script＆＃34; ...

Answer 1

您可以使用xargs：

xargs -I {} ./myprogram --indv {} < indvlist.txt

Answer 2

执行此操作的几个bash方法：

for indv in $(<list-of-indv-values.txt)
do
  something something .... ${indv} .....
done

或

while read indv
do
  something something ... ${indv} .....
done < list-of-indv-values.txt