如何在linux shell命令中运行自定义的R函数？

Question

我想在R文件中运行一个名为＆＃34; run.plot.R＆＃34;的自定义函数。在带有Linux的远程HPC上。

我输入linux命令：

R CMD run.plot.R

但似乎R还没有从文件中读取功能代码。 如何将函数文件加载到R然后运行它？

Answer 1

有三种选择：

Rscript run.plot.R

或

R CMD BATCH run.plot.R

或使用littler应用，请参阅http://dirk.eddelbuettel.com/code/littler.html

所有这三个都以非交互模式运行。

如果您想以交互方式运行，

R --file run.plot.R

或者只是通过

启动R.

R

然后一旦R正在运行

source("run.plot.R")

但是，所有上述假设run.plot.R包含功能代码和 R调用以运行这些R函数。

最后，给定文件名，是否生成任何绘图将取决于远程Linux服务器上的运行方式，X是否通过您正在使用的连接进行转发等。

Answer 2

我经常使用

R --vanilla -f <filename>

--vanilla标志用于确保多个用户之间的一致R环境。根据您的需要，您可能会也可能不想使用它。