Question

对于我的系统： Ubuntu 12.04 和 R 3.03 ，每当我通过 R 安装自定义程序包时

>install.packages()

默认情况下将软件包安装到

/home/USER/R/x86_64-pc-linus-gnu-library/3.0/

与

中的系统范围相对

/usr/local/lib/R/site-library/

发光服务器需要

才能使用该程序包。

我的临时解决方案是在事后将软件包复制到正确的文件夹中。

问题：如何从一开始就设置默认安装路径以避免此问题？

Answer 1

是的 - 我认为这是一个错误并禁用我的每用户目录。

此外，我主要使用脚本install.r（其中一个版本是您可以作为Ubuntu的一部分安装的小版本包中的示例），它简单地将/usr/local/lib/R/site-library目录显式设置为默认目录。通过我们进入R 3.0.2或3.0.3的补丁，普通用户可以写入目录，现在将创建组可写目录，以便其他用户可以更新和覆盖 - 只需让每个人都成为同一组的成员，比如说staff或admin。然后你甚至不需要sudo或root。

多年来我在这里几次回答了同样的问题（减去闪亮的角度，这并不是真正相关的）所以请随意搜索另一个以获取更多细节，示例，......

Answer 2

我会提出一个不同的方法。

问题是，闪亮服务器无法找到您安装的软件包，因为它将其作为名为shiny的其他用户运行。此用户是在安装shiny-server

时创建的

解决此问题的最简单（也是最安全的恕我直言）方法是使用以下步骤将软件包安装为闪亮的用户。

使用sudo passwd shiny为用户设置密码，现在输入并确认您选择的密码。
使用：su - shiny
使用R（不使用sudo）

$ R

安装所需的软件包，在这种情况下：`install.packages（＆＃34; shinydashboard＆＃34;）

请注意，如果您在同一台计算机上安装了rstudio-server，则可以使用该界面执行步骤2-4。只需使用相同的域/ ip并使用：8787用于rstudio-server接口，而不是：3838用于闪亮服务器。

改编自我的回答here

R - 如何为闪亮服务器设置install.packages（）的路径？ - Ubuntu

2 个答案: