Question

任何人都可以帮我提高这个R代码的效率吗？

我试图编写一个将字符串列表更改为字符串向量的函数，或者a 数字向量的数字列表，一般类型的向量的类型元素列表。

如果列表具有以下属性，我希望能够将列表更改为特定类型的向量：

它们是均匀打字的。列表中的每个元素都是＆＃39;字符＆＃39;或＆＃39;复杂＆＃39;或者上。

列表的每个元素都是长度为一。

as_atomic <- local({

    assert_is_valid_elem <- function (elem, mode) {

        if (length(elem) != 1 || !is(elem, mode)) {
            stop("")
        }
        TRUE
    }

    function (coll, mode) {

        if (length(coll) == 0) {
            vector(mode)
        } else {
            # check that the generic vector is composed only
            # of length-one values, and each value has the correct type.

            # uses more memory that 'for', but is presumably faster.
            vapply(coll, assert_is_valid_elem, logical(1), mode = mode)

            as.vector(coll, mode = mode)
        }
    }
})

例如，

as_atomic(list(1, 2, 3), 'numeric')
as.numeric(c(1,2,3))

# this fails (mixed types)
as_atomic( list(1, 'a', 2), 'character' )
# ERROR.

# this fails (non-length one element)
as_atomic( list(1, c(2,3,4), 5), 'numeric' )
# ERROR.

# this fails (cannot convert numbers to strings)
as_atomic( list(1, 2, 3), 'character' )
# ERROR.

以上代码运行正常，但速度非常慢，我无法通过任何方式优化它而无需更改函数的行为。重要的是“as_atomic”功能很重要。表现得像;我无法切换到我熟悉的基本功能（例如，取消列表），因为我需要为错误列表抛出错误。

require(microbenchmark)

microbenchmark(
    as_atomic( as.list(1:1000), 'numeric'),
    vapply(1:1000, identity, integer(1)),
    unit = 'ns'
)

在我（相当快）的机器上，基准测试的频率约为40Hz，所以这个功能几乎总是在我的代码中限速。 vapply控制基准测试的频率约为1650Hz，但速度仍然很慢。

有没有办法大幅提高此操作的效率？任何建议都表示赞赏。

如果需要进行任何澄清或编辑，请在下面留言。

编辑：

大家好，

很抱歉这个迟来的回复;在我尝试之前，我需要参加考试重新实现这一点。

谢谢大家的性能提示。我把表现从可怕的40hz提高到了使用普通R代码更容易接受600hz。

最大的加速来自使用typeof或mode而不是is;这真的加快了紧密的内部检查循环。

我可能不得不咬紧牙关并在rcpp中重写它以使其真正具有高性能。

Answer 1

这个问题分为两部分：

检查输入是否有效
将列表强制转换为向量

检查有效输入

首先，我会避免is()，因为它已知很慢。这给了：

check_valid <- function (elem, mode) {
  if (length(elem) != 1) stop("Must be length 1")
  if (mode(elem) != mode) stop("Not desired type")

  TRUE
}

现在我们需要弄清楚循环或应用变体是否更快。我们将以所有输入有效的最坏情况为基准。

worst <- as.list(0:101)

library(microbenchmark)
options(digits = 3)
microbenchmark(
  `for` = for(i in seq_along(worst)) check_valid(worst[[i]], "numeric"),
  lapply = lapply(worst, check_valid, "numeric"),
  vapply = vapply(worst, check_valid, "numeric", FUN.VALUE = logical(1))
)

## Unit: microseconds
##    expr min  lq median  uq  max neval
##     for 278 293    301 318 1184   100
##  lapply 274 282    291 310 1041   100
##  vapply 273 284    288 298 1062   100

这三种方法基本相关。 lapply()非常轻微更快，可能是因为它使用了特殊的C技巧

将列表强制转换为矢量

现在让我们看一下将列表强制转换为向量的几种方法：

change_mode <- function(x, mode) {
  mode(x) <- mode
  x
}

microbenchmark(
  change_mode = change_mode(worst, "numeric"),
  unlist = unlist(worst),
  as.vector = as.vector(worst, "numeric")
)

## Unit: microseconds
##         expr   min    lq median   uq    max neval
##  change_mode 19.13 20.83  22.36 23.9 167.51   100
##       unlist  2.42  2.75   3.11  3.3  22.58   100
##    as.vector  1.79  2.13   2.37  2.6   8.05   100

所以看起来你已经在使用最快的方法和总数了费用由支票支配。

替代方法

另一个想法是我们可以通过循环获得更快的速度在矢量一次，而不是一次检查和一次强制：

as_atomic_for <- function (x, mode) {
  out <- vector(mode, length(x))

  for (i in seq_along(x)) {
    check_valid(x[[i]], mode)
    out[i] <- x[[i]]
  }

  out
}
microbenchmark(
  as_atomic_for(worst, "numeric")
)

## Unit: microseconds
##                             expr min  lq median  uq  max neval
##  as_atomic_for(worst, "numeric") 497 524    557 685 1279   100

这肯定更糟。

总而言之，我认为这表明你想要发挥这个功能更快，你应该尝试在Rcpp中对向量函数进行矢量化。

Answer 2

尝试：

as_atomic_2 <- function(x, mode) {
  if(!length(unique(vapply(x, typeof, ""))) == 1L) stop("mixed types")
  as.vector(x, mode)
}
as_atomic_2(list(1, 2, 3), 'numeric')
# [1] 1 2 3
as_atomic_2(list(1, 'a', 2), 'character')
# Error in as_atomic_2(list(1, "a", 2), "character") : mixed types
as_atomic_2(list(1, c(2,3,4), 5), 'numeric' )
# Error in as.vector(x, mode) : 
#   (list) object cannot be coerced to type 'double'

microbenchmark(
  as_atomic( as.list(1:1000), 'numeric'),
  as_atomic_2(as.list(1:1000), 'numeric'),
  vapply(1:1000, identity, integer(1)),
  unit = 'ns'
)    
# Unit: nanoseconds
#                                     expr      min       lq     median 
#    as_atomic(as.list(1:1000), "numeric") 23571781 24059432 24747115.5 
#  as_atomic_2(as.list(1:1000), "numeric")  1008945  1038749  1062153.5 
#     vapply(1:1000, identity, integer(1))   719317   762286   778376.5

Answer 3

定义自己的函数来进行类型检查似乎是瓶颈。使用其中一个内置函数可以提高速度。但是，调用有所改变（尽管可能会改变它）。以下示例是我能提出的最快版本：

正如使用is.numeric所述，is.character提供了最大的加速：

as_atomic2 <- function(l, check_type) {
  if (!all(vapply(l, check_type, logical(1)))) stop("")
  r <- unlist(l)
  if (length(r) != length(l)) stop("")
  r
}

以下是我使用原始界面提出的最快速度：

as_atomic3 <- function(l, type) {
  if (!all(vapply(l, mode, character(length(type))) == type)) stop("")
  r <- unlist(l)
  if (length(r) != length(l)) stop("")
  r
}

对原文进行基准测试：

res <- microbenchmark(
    as_atomic( as.list(1:1000), 'numeric'),
    as_atomic2( as.list(1:1000), is.numeric),
    as_atomic3( as.list(1:1000), 'numeric'),
    unit = 'ns'
)
#                                    expr      min         lq     median         uq      max neval
#   as_atomic(as.list(1:1000), "numeric") 13566275 14399729.0 14793812.0 15093380.5 34037349   100
# as_atomic2(as.list(1:1000), is.numeric)   314328   325977.0   346353.5   369852.5   896991   100
#  as_atomic3(as.list(1:1000), "numeric")   856423   899942.5   967705.5  1023238.0  1598593   100

有效转换为R中的向量

编辑：

3 个答案:

检查有效输入

将列表强制转换为矢量

替代方法