Biopython NCBIWWW.qblast测试文件-hangs on

Question

当我尝试运行Biopython为NCBIWWW.qblast在线搜索提供的测试文件时，它只是挂起并且永远不会响应。当我尝试自己运行包含NCBIWWW.qblast的任何脚本时，也会发生同样的情况：它只是到达此行并停止。没有发出任何错误消息，也没有收到任何结果，并且该过程永远不会以任何方式结束。

产生问题的脚本之一是：

from Bio.Blast import NCBIWWW
result_handle=qblast('blastn', 'nt', 'AGAAAGGGTATATAAAATCAAGAATCTGGGGTGTTTGTGTTGACTTGTATAATTCTTGATTTTTTCAGGTAGTTGAAAAGGTGGGAGAAAAGTGGAGAAGCCTAAGCTGATATTGAAATTCATATGGATGGAAGAACATTGGTTTAGGATTGGATCAAAAAATAGGTGGACATGGAACTGTA')

可能是什么问题？

Answer 1

那是完全错误的。可能是您的互联网连接丢失或服务器响应太慢的情况。对于任何NCBI查询搜索，只需几分钟就能给出响应。我得到了相当快的响应，只需稍加改动再试一次，它也适合你：

>>> from Bio.Blast import NCBIWWW
>>> result_handle=NCBIWWW.qblast('blastn', 'nt', 'AGAAAGGGTATATAAAATCAAGAATCTGGGGTGTTTGTGTTGACTTGTATAATTCTTGATTTTTTCAGGTAGTTGAAAAGGTGGGAGAAAAGTGGAGAAGCCTAAGCTGATATTGAAATTCATATGGATGGAAGAACATTGGTTTAGGATTGGATCAAAAAATAGGTGGACATGGAACTGTA')
>>> result_handle
<cStringIO.StringI object at 0x7f3b3cad6718>

它应该返回一个要处理的对象！