Question

我使用了来自http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK55696/的示例代码“Using WebEnv＆amp; QueryKey example” - ESearch部分似乎工作正常，但不是EFetch。我添加了命令“e.printStackTrace（）”以获取完整的错误消息：

WebEnv: NCID_1_160921978_130.14.18.34_9001_1392822285_1227953195  
QueryKey: 1

org.apache.axis2.AxisFault: org.apache.axis2.databinding.ADBException: Unexpected subelement {http://www.ncbi.nlm.nih.gov/soap/eutils/efetch_pubmed}Affiliation  
org.apache.axis2.AxisFault: org.apache.axis2.databinding.ADBException: Unexpected subelement {http://www.ncbi.nlm.nih.gov/soap/eutils/efetch_pubmed}Affiliation  
at org.apache.axis2.AxisFault.makeFault(AxisFault.java:430)  
at gov.nih.nlm.ncbi.www.soap.eutils.EFetchPubmedServiceStub.fromOM(EFetchPubmedServiceStub.java)  
at gov.nih.nlm.ncbi.www.soap.eutils.EFetchPubmedServiceStub.run_eFetch(EFetchPubmedServiceStub.java:190)  
at preparation.Client.main(Client.java:39)  
Caused by: java.lang.Exception: org.apache.axis2.databinding.ADBException: Unexpected subelement {http://www.ncbi.nlm.nih.gov/soap/eutils/efetch_pubmed}Affiliation  
at gov.nih.nlm.ncbi.www.soap.eutils.EFetchPubmedServiceStub$AuthorType$Factory.parse(EFetchPubmedServiceStub.java:47561)  
at gov.nih.nlm.ncbi.www.soap.eutils.EFetchPubmedServiceStub$AuthorListType$Factory.parse(EFetchPubmedServiceStub.java:12284)  
at gov.nih.nlm.ncbi.www.soap.eutils.EFetchPubmedServiceStub$ArticleType$Factory.parse(EFetchPubmedServiceStub.java)  
at gov.nih.nlm.ncbi.www.soap.eutils.EFetchPubmedServiceStub$MedlineCitationType$Factory.parse(EFetchPubmedServiceStub.java:27035)  
at gov.nih.nlm.ncbi.www.soap.eutils.EFetchPubmedServiceStub$PubmedArticleType$Factory.parse(EFetchPubmedServiceStub.java:17841)  
at gov.nih.nlm.ncbi.www.soap.eutils.EFetchPubmedServiceStub$PubmedArticleSetChoiceE$Factory.parse(EFetchPubmedServiceStub.java)  
at gov.nih.nlm.ncbi.www.soap.eutils.EFetchPubmedServiceStub$PubmedArticleSet_type0$Factory.parse(EFetchPubmedServiceStub.java:54143)  
at gov.nih.nlm.ncbi.www.soap.eutils.EFetchPubmedServiceStub$EFetchResult$Factory.parse(EFetchPubmedServiceStub.java:48494)  
... 3 more  
Caused by: org.apache.axis2.databinding.ADBException: Unexpected subelement {http://www.ncbi.nlm.nih.gov/soap/eutils/efetch_pubmed}Affiliation  
at gov.nih.nlm.ncbi.www.soap.eutils.EFetchPubmedServiceStub$AuthorType$Factory.parse(EFetchPubmedServiceStub.java:47555)  
... 10 more

我使用Eclipse（版本：3.7.2）和Ubuntu 12.04 LTS以及java-7-openjdk-amd64作为JRE。 NCBI页面提到在运行Client.java之前使用此命令：

wsdl2java -uri http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/soap/v2.0/efetch_pubmed.wsdl

而不是那样，我只是简单地包含了在控制台中显示为输出的jar文件（只有二进制文件），因为除了ELink示例之外，http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK55696/上的所有其他exapmles都可以正常工作：

org.apache.axis2.AxisFault: org.apache.axis2.databinding.ADBException: Unexpected subelement {http://www.ncbi.nlm.nih.gov/soap/eutils/elink}error

我将描述我在项目中包含哪些jar文件。

由于在上述页面上下载eutils_axis2.jar的FTP链接不起作用，我搜索了当前路径并将其添加到我的Eclipse项目中。
他们的自述文件说应该使用JDK版本7.0.45和Axis2版本1.6.2并且它于2013年12月发布。

我在Google中搜索“下载wsdl2java.sh”以获取与WSDL连接的Axis2版本，并找到了包axis2-eclipse-service-plugin-1.6.2.zip。我下载了包并将所有jar文件添加到我的项目中：

apache-mime4j-core-0.7.2.jar  
axiom-api-1.2.13.jar  
axiom-impl-1.2.13.jar  
axis2-adb-1.6.2.jar  
axis2-codegen-1.6.2.jar  
axis2-kernel-1.6.2.jar  
commons-codec-1.3.jar  
commons-fileupload-1.2.jar  
commons-httpclient-3.1.jar  
geronimo-jta_1.1_spec-1.1.jar  
geronimo-ws-metadata_2.0_spec-1.1.2.jar  
jaxen-1.1.1.jar  
jsr311-api-1.0.jar  
neethi-3.0.2.jar  
servlet-api-2.3.jar  
woden-api-1.0M9.jar  
woden-impl-commons-1.0M9.jar  
woden-impl-dom-1.0M9.jar  
wsdl4j-1.6.2.jar  
XmlSchema-1.4.7.jar

然后我在包中搜索剩余的错误消息：

axis2-transport-http-1.6.2.jar  
axis2-transport-local-1.6.2.jar   
commons-logging-1.1.3.jar  
geronimo-javamail_1.4_spec-1.7.1.jar  
httpcore-4.3.2.jar

我在Google上搜索了类似的案例，但我找不到解决方案。如何修复开头提到的这条消息？

Answer 1

NCBI教程中提到的相应wsdl文件来自2010。也许它已经过时了，但首先要确保创建指定的java类工作正常。执行以下步骤会导致错误吗？

下载并解压缩axis2-1.6.2。

设置环境变量

export AXIS2_HOME=<path/to/axis2-1.6.2>
export JAVA_HOME=<path/to/java-7-openjdk-amd64>

下载以下文件

http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/soap/v2.0/efetch_pubmed.xsd
http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/soap/v2.0/efetch_db_pubmed.xsd
http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/soap/v2.0/efetch_pubmed.wsdl

使用efetch_pubmed.wsdl文件在axis2-1.6.2目录中执行bin / wsdl2java.sh。

sh wsdl2java.sh -uri <path/to/efetch_pubmed.wsdl>

中应出现两个java类

src/gov/nih/nlm/ncbi/www/soap/eutils

（仍在您的axis / bin目录中）。使用Client.java导入和使用这些文件（指向教程中的文件名）。

对我来说很好。希望有所帮助。

使用WebEnv＆amp; amp; ADBException用于EFetch的QueryKey示例

1 个答案: