Question

在Ubuntu下安装R软件包（比如本例中的mcmcpack）时，我可以选择以下两种安装方法：

# Let the distribution's packaging system take care of installation/upgrades
apt-get install r-cran-mcmcpack

# Let R take care of installation/upgrades
install.packages("mcmcpack")

问题：

安装R软件包的两种方法中的任何一种都被认为是“最佳实践”吗？
假设我先install.packages("mcmcpack")以及稍后apt-get install r-cran-mcmcpack - 我应该遇到麻烦吗？
假设我先apt-get install r-cran-mcmcpack以及稍后install.packages("mcmcpack") - 我应该遇到麻烦吗？

Answer 1

它并不像看起来那么容易。

apt-get update在
时是好的
- 包存在 - 但CRAN上的2100+包中只有大约150个r-cran-*个包，所以覆盖范围很小
- 包维护，无错误且当前
- 你对Ubuntu的双年度发布很满意
install.packages()以及之后的update.packages()在
时是好的
- 您知道如何安装构建时依赖项（除了r-base-dev）
- 您不介意手动update.packages()以及apt-get更新。

在我工作的Ubuntu机器上，我使用第二种解决方案。但是因为第一个更好如果你有足够的覆盖，我们已经构建了cran2deb，它为amd64和i386提供了2050多个二进制deb包 - 但仅用于Debian测试。这就是我在家里使用的。

关于你是否应该“遇到麻烦”的最后一个问题：不，因为R_LIBS_SITE中的/etc/R/Renvironment设置为

# edd Apr 2003  Allow local install in /usr/local, also add a directory for
#               Debian packaged CRAN packages, and finally the default dir 
# edd Jul 2007  Now use R_LIBS_SITE, not R_LIBS
R_LIBS_SITE=${R_LIBS_SITE-'/usr/local/lib/R/site-library:\
/usr/lib/R/site-library:/usr/lib/R/library'}

这意味着您的包进入/usr/local/lib/R/site-library，而apt管理的包进入/usr/lib/R/site-library和（在基本包的情况下）{{1 }}

希望澄清问题。对于像这样的问题，r-sig-debian邮件列表更加明智。

Answer 2

我会考虑使用apt-get最佳做法，因为您将通过标准系统工具获得自动更新。
安装了2个版本可能会让您陷入困惑的情况：根据您的R设置，您可以加载另一个软件包版本然后您期望 - 您的私有（可能已过时）应该首先加载。
见上文。

R：apt-get install r-cran-foo与install.packages（“foo”）

2 个答案: