Question

当我有：

时，有没有办法在纠结文件中包含externaL代码

<<xref>>=
@

（此处xref是对外部文件中代码的引用）

或

<<internal-ref>>=
<<xref>>
@

或者我是否需要获取外部文件并以某种方式工作？

在包中包含knitr晕影时，这是一个问题。在最后阶段检查小插图，R尝试获取纠结的文件。缺少代码导致问题！

我正在使用knitr 1.5版。

Answer 1

purl()的原始设计在许多方面存在缺陷。例如，它不使用<<>>来尊重交叉引用。我真的不认为R CMD build/check应该纠结这些小插曲，因为编织已经运行了一次代码。也就是说，您可以尝试latest development version，其中我引入了一个新功能hook_purl()，它应该更好地作为纠结实用程序。要启用它，请使用

knit_hooks$set(purl = hook_purl)

然后在编织时间内完成纠缠，这意味着执行的任何内容都写入R脚本。这可以保证纠结的R脚本确实包含执行的代码。您只需要调用knit()一次即可获得输出文档和R脚本。

Answer 2

我也使用 knitr 版本1.5，你提供的第二个选项对我来说很好。

此处，文档中唯一的R代码存储在"child.Rnw"中已命名的未评估块中：

<<xref, eval=FALSE, echo=FALSE, results="hide">>=
d <- 1:10
d
@

该文件及其块通过使用"main.Rnw"选项的初始块读入主文件child="filename"。第二个块评估代码：

\documentclass{article}
\begin{document}

<<child, child="child.Rnw", eval=TRUE>>=
@

<<internal-ref, eval=TRUE>>=
<<xref>>
@

\end{document}

编织得很好，更重要的是，执行purl("main.Rnw")会产生包含所有R代码的纠结文件"main.R"。 "main.R"看起来像这样：

## ----child, child="child.Rnw", eval=TRUE---------------------------------

## ----xref, eval=FALSE, echo=FALSE, results="hide"------------------------
## d <- 1:10
## d


## ----internal-ref, eval=TRUE---------------------------------------------
d <- 1:10
d

我没有尝试将其作为插图运行，但由于它没有遗漏任何源代码，它看起来至少应该解决你的近端问题......

使用外部代码文件的Tangling knitr文件

2 个答案: