使用mpiblast可以达到什么样的缩放效果?

时间:2014-01-28 08:25:32

标签: mpi bioinformatics blast

在我们的HPC群集上,其中一个用户在30个核心上运行mpiblast作业。这些通常最终会出现在大约10个不同的节点上,这些节点通常在用户之间共享。虽然这些作业偶尔可以很好地扩展并且可以有效地使用大约90%的可用内核,但是通常扩展非常糟糕,因为作业只占用了大约10%可用内核的CPU时间。

一般来说,mpiblast应该更好地扩展吗?有谁知道哪些因素可能会导致缩放不良?

1 个答案:

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mpiblast一般应该更快,但不能保证缩放会更好。有几个因素:

  • 对于并行处理,您需要确保正在使用的节点没有空闲/未正确使用。这是缩放不良的主要原因之一!
  • 此外,它取决于您用于BLAST的文件。例如,mpiblast中有一些参数,你应该先通过它们。

但总的来说,当节点被平等使用时,mpiblast应该可以很好地扩展,这意味着负载平衡很大:)