如何将整数值传递给python的subprocess.call方法？

Question

我试图将整数值传入python的subprocess.call方法：

subprocess.call('samtools','view','-bq', '1','DS130.bam','>','DS130umr.bam')

'-bq'之后的参数需要是一个整数值。但是我相信subprocess.call会将它视为一个字符串，所以我不断收到错误'TypeError：bufsize必须是一个整数'。

如何让subprocess.call将'1'解释为整数值？

Answer 1

这与输入中的整数无关;你错误地调用了这个函数。您需要将命令作为一个序列传递，列表：

subprocess.call(['samtools','view','-bq', '1','DS130.bam','>','DS130umr.bam'])

但是，这不会由shell处理，因此输出重定向（>）将不起作用。如果要将工具的输出定向到另一个文件，请使用shell=True并传入一个字符串：

subprocess.call('samtools view -bq 1 DS130.bam > DS130umr.bam', shell=True)

要处理的shell，或使用输出重定向：

with open('DS130umr.bam', 'wb') as redirected:
    subprocess.call(['samtools','view','-bq', '1','DS130.bam'], stdout=redirected)