Question

我需要计算输入链中指定模式的出现次数，并为每个模式生成一个报告。输入字符串将包含1 AA AATTCGAA结尾 1表示要搜索的一个模式，AA表示模式，下一个是您搜索AA的部分。

My idea is to : 

    public static void main(String[] args){

        Scanner s = new Scanner(System.in);
        System.out.println("How many patterns do you want and enter patterns and DNA Sequence(type 'end' to signify end):");
        String DNA = s.nextLine();
        process(DNA);
    }
        public static void process(String DNA){
    String number = DNA.replaceFirst(".*?(\\d+).*", "$1");
    int N = Integer.parseInt(number);
        DNA.toUpperCase();
        String[] DNAarray;
        DNAarray = DNA.split(" ");
        for(int i=1; i<N; i++){
            int count=0;
            for(int j =0; j < DNAarray.length; j++) {
                if(DNAarray[i+N].contains(DNAarray[i])){
                      count= count++;
                }
            } 

            System.out.println("Pattern:"+DNAarray[i]+ "Count:"+count);
        }

Answer 1

这应该这样做：

using System;
using System.Text.RegularExpressions;

public class Program
{
    public void Main()
    {
        Console.WriteLine(PatternCount("1 AA AADDRRSSAA"));
    }

    public int PatternCount(string sDNA) {
        Regex reParts = new Regex("(\\d+)\\s(\\w\\w)\\s(\\w+)");
        Match m = reParts.Match(sDNA);

        if (m.Success)
        {
            return Regex.Matches(m.Groups[3].Value, m.Groups[2].Value).Count;
        }
        else
            return 0;
        }
}

第一个RE将输入拆分为计数，模式和数据。（不确定为什么要限制要搜索的模式数量。此代码忽略了这一点。根据需要修改...）第二个RE等于所需的模式，“匹配”计算出现的次数。从这里开始工作。

此致

（今天我感觉很好，做人们的工作;））

Answer 2

真的没必要把搜索次数。而且，实际上这可以完成一个正则表达式。我不记得Dot-Net是否支持\G锚，
但无论如何这根本不是必要的。我把它留在了。

每场比赛：
找到一把新钥匙最后捕获键子串匹配只需按键即可提升搜索位置。

所以，坐在Find循环中在每个匹配上打印'Key'捕获缓冲区，
然后打印捕获集合“值”计数。

这就是它的全部内容。

正则表达式将搜索重叠键。要将其更改为专用键，
如评论中所示，将=更改为:。

你也可以使它更具体一点。例如，将所有\w更改为[A-Z]等等......

正则表达式：

 (?:
      ^ [ \d]* 
   |  \G 
 )
 (?<Key> \w+ )                        #_(1)         
 [ ]+ 

 (?=
      (?: \w+ [ ]+ )*

      (?= \w )
      (?:
           (?=                        # <- Change the = to : to get non-overlapped matches 
                (?<Values> \1 )       #_(2)         
           )
        |  . 
      )*
      $ 
 )

这是一个perl测试用例

 # $str = '2 6 AA TT PP AAATTCGAA';
 # $count = 0;
 # 
 # while ( $str =~ /(?:^[ \d]*|\G)(\w+)[ ]+(?=(?:\w+[ ]+)*(?=\w)(?:(?=(\1)(?{ $count++ }))|.)*$)/g  )
 # {
 #     print "search = '$1'\n";
 #     print "found  = '$count'\n";
 #     $count = 0;
 # 
 # }
 # 
 # Output >>
 #  
 #      search = 'AA'
 #      found  = '3'
 #      search = 'TT'
 #      found  = '1'
 #      search = 'PP'
 #      found  = '0'
 # 
 #

在字符串数组中查找字符串模式

2 个答案: