ggplot如何创建配对错误栏

Question

我对来自同一模型的一对结果有估计，我想使用误差条显示这些结果。如何创建一对比较样本数据中rea估计值与其他数据（rea和sci，rea和mat等等）的图。在所有图中，rea应始终显示为图中的第一个，并且数据的顺序不应更改。

       library (ggplot2) 
ucl<- c(5.88 , 3.92,  7.0,  3.724,  5.488) 
lcl<-c(1.04 ,  0.04,  2.04, -0.06   , 0.84) 
est<-c(3 , 2,   4,  1.9,    2.8) 
df<-data.frame (cbind(est,ucl, lcl))

df$labels<-c("sci","rea","mat","apt","hor") 

此代码创建了单独的图，但我需要的是一对比较rea与其他图的图。

 ggplot(df, aes(x = labels, y = est,ymin = lcl, ymax = ucl))  +
    geom_point(position=position_dodge() ,size = 2.5) + 
    geom_linerange(position=position_dodge(), size =0.5) +
    geom_hline(aes(yintercept = 1))  

Answer 1

如果我弄错了，你需要方面。它可以是这样的：

# Additional column for faceting
df$not.rea <- df$labels!="rea"

# Your solution + facet_grid with labeller and free scales/space
ggplot(df, aes(x=labels, y=est, ymin=lcl, ymax=ucl)) +
  geom_point(position=position_dodge(), size=2.5) + 
  geom_linerange(position=position_dodge(), size=0.5) +
  geom_hline(aes(yintercept=1)) +
  facet_grid(~not.rea, scales="free", space="free", 
             labeller=function(var,val) c("rea","other")[val+1])

它产生：

但是如果你想要将每个估算与rea进行面对面的比较，你可以将传递给data.frame的{​​{1}}进行子集化，即对于rea与mat：

ggplot2

<强>更新

为了生成4个图，您可以使用这种方法：

ggplot(df[df$labels %in% c("rea","mat"),], ...) + ...

显示4个图。如果要将它们保存为单独的文件，可以像这样修改运行程序：

# Convert labels to factor - rea should always be first
df$labels <- factor(df$labels, levels=c("rea","sci","mat","apt","hor"))

# Plotting function
one.plot <- function(filter){
  ggplot(df[df$labels %in% c("rea",filter),], aes(x=labels, y=est, ymin=lcl, ymax=ucl)) +
    geom_point(position=position_dodge(), size=2.5) + 
    geom_linerange(position=position_dodge(), size=0.5) +
    geom_hline(aes(yintercept=1)) +
    facet_grid(~labels, scales="free", space="free")
}

# Runner of the batch
sapply(as.character(df$labels[df$labels != "rea"]), function(s) print(one.plot(s)) )

它将4 sapply(as.character(df$labels[df$labels != "rea"]), function(s) ggsave(paste0(s,".png"), one.plot(s)) ) 个文件保存到工作目录。

更新2：

要在单个图中生成4对错误栏，您可以使用*.png包。这很简单：

gridExtra

产生：

Answer 2

您可以更改数据框以获得所需的结果。

首先，为df2，sci，mat和apt的每个级别以及{{{4}行创建包含一行的数据框hor 1}}。然后将列rea作为因子，按照您需要的顺序（labels作为第一个，然后是所有其他级别）。添加包含与rea labels2相同级别名称的列labels，每个级别使用两次（一次用于同一级别，一次用于rea）。

rea

现在使用df2<-rbind(df[-2,],df[rep(2,4),]) df2$labels<-factor(df2$labels,levels=c("rea","sci","mat","apt","hor")) df2$labels2<-factor(rep(c("sci","mat","apt","hor"),times=2), levels=c("sci","mat","apt","hor")) df2 est ucl lcl labels labels2 1 3.0 5.880 1.04 sci sci 3 4.0 7.000 2.04 mat mat 4 1.9 3.724 -0.06 apt apt 5 2.8 5.488 0.84 hor hor 2 2.0 3.920 0.04 rea sci 21 2.0 3.920 0.04 rea mat 22 2.0 3.920 0.04 rea apt 23 2.0 3.920 0.04 rea hor 来绘制数据 - df2用于x轴，labels用于构面。在labels2中添加scales="free_x"以删除每个方面中未使用的级别。

facet_wrap()

更新

要获取一个绘图中的所有线条，请添加到数据框ggplot(df2,aes(x = labels, y = est,ymin = lcl, ymax = ucl)) + geom_point(size = 2.5) + geom_linerange(size =0.5) + geom_hline(aes(yintercept = 1)) + facet_wrap(~labels2,scales="free_x") （在上面的示例中制作）列df2，其中包含两个级别 - type和rea。

other

然后使用df2$type<-rep(c("other","rea"),each=4) 作为x值，使用labels2设置type或color=，或仅使用shape=作为行范围。

group=