将vtkImageData复制到cv :: Mat

Question

我正在尝试将vtkImageData *类复制到cv :: Mat结构[我的目标是将一个MHD文件读入OpenCV] ..该文件本质上是一个3D矩阵所以我想得到一个包含所有的切片的音量。到目前为止，我已经提出了这个代码，

reader->SetFileName(INPUT_DATA_1.c_str());
reader->Update();
imageData_1 = reader->GetOutput();
extractVOI->SetInput(imageData_1);

int dims[3];
imageData_1->GetDimensions(dims);
extractVOI->SetVOI(0, dims[0], 0, dims[1], 75, 75); // Set it to z=75
extractVOI->GetOutput()->SetScalarTypeToSignedChar();
imageExport->SetInputConnection(extractVOI->GetOutputPort());
imageExport->Update();

cv::Mat cvMat_test(dims[0], dims[1], CV_8UC1, imageExport->GetPointerToData());

虽然这是有效的，但它没有给我预期的输出（下面突出显示）..任何有关此事的帮助都会非常有帮助。

提前致谢， Sarthak

预期产出，

我现在得到的输出，

编辑： 我意识到图像大小不一样。这是因为我刚刚发布了我正在使用的查看器中的数据快照..在给定HERE的保管箱链接中有一个示例。希望这能澄清一些事情......

TAGS：vtk opencv bridge，vtkopencv，vtk opencv integration

Answer 1

好的，所以直接在GetPointerToData()类上使用的GetScalarPointer()函数或vtkImageData函数不适合分配（至少不是我能想到的方式）..所以，我设计了另一种方法，

reader->SetFileName(INPUT_DATA_1.c_str());
reader->Update();
imageData_1 = reader->GetOutput();
extractVOI->SetInput(imageData_1);

int dims[3];
imageData_1->GetDimensions(dims);
extractVOI->SetVOI(0, dims[0], 0, dims[1], 75, 75); // Set it to z=75
extractVOI->GetOutput()->SetScalarTypeToSignedChar();
cv::Mat cvMat_test(dims[0], dims[1], CV_8UC1);

for (int i=0; i<dims[0]; ++i) {
    for (int j=0; j<dims[1]; ++j) {
        cvMat_test.at<unsigned char>(cv::Point(j,i)) = *static_cast<unsigned char*>(extractVOI->GetOutput()->GetScalarPointer(i,j,vol_dim));
    }
}

我猜这个方法可以扩展到很容易包含整个卷..

编辑：

我将代码扩展为与 vtkImageData 和 cv :: Mat 和/或 cv :: gpu :: Mat 进行转换..我已将代码here上传为 vtkOpenCVBridge 。

干杯！

Answer 2

首先，图像的大小不同。即使数据未正确存储，图像的至少宽度和高度也应相同。这意味着dims [0]和dims [1]实际上并不是图像的高度和宽度。

其次，您确定vtk图像中的数据是否存储为unsigned char数组？当我试图在无符号字符的图像中存储整数图像时，我得到的图案类似于你的图案。

第三，你确定你的vtk图像在内存中是连续的（你没有在下面的行之间提供步骤）吗？

我从未使用过VTK库，所以我的回答只是一个猜测......

Answer 3

我遇到过类似的问题，花了很多时间后，我意识到我已经换了尺寸，高度和宽度等等。正确恢复尺寸确实给了我更好的结果。我没有使用VTK库，但我认为你可以重新检查维度声明。