Question

假设我有一个名为testknit的项目目录（我这样做，请参阅github获取MRE），在此我有几个子目录，包括scripts其中我保留.R和.rmd个文件。

在RStudio中，我创建了一个项目并选择了这个testknit目录，这样当我打开项目时，工作目录为mypath/testknit。

在testknit/scripts内，我有master.R个文件。如果我想要一个名为testsource1.R的文件来源testknit/scripts，我可以在source("scripts/testsource1.R")内运行master.R。

library(knitr)
getwd()
# [1] "mypath/testknit"
source("scripts/testsource1.R")

到目前为止一切顺利。

但是，我要说我还想编一个名为.rmd的{{1}}文件，该文件位于test.rmd。我可以从testknit/scripts运行knit("scripts/test.rmd")。

我的master.R文件执行以下操作：

test.rmd

由于```{r setup} library(knitr) opts_knit$set(root.dir='../') ``` ```{r option1} source("scripts/testsource2.R") ``` ```{r option2} source("testsource2.R") ```中存在test.rmd，我在第一个块中指定testknit/scripts，因此knitr知道我的根目录实际上是一个级别。

当我在RStudio中打开opts_knit$set(root.dir='../')并点击test.rmd时，可以预见，knit HTML块有效，option1块无效。

但是当我尝试通过从option2运行test.rmd而不是在knit("scripts/test.rmd")文件中编织来编织master.R时，两个块选项都不起作用。两者都返回一个错误，即该名称没有文件。

我做错了什么？在编写主.rmd的{{1}}文件时，为什么无法找到testsource2.R？

请参阅上面的github链接以获得可重现的示例。

更新：

正如我在评论中所述，我尝试在.rmd之前添加.R，并将wd <- getwd()更改为opts_knit$set。因此，当我从(root.dir='../')运行(root.dir=wd)时，option2 chunk会运行，因为我添加的knit("scripts/test.rmd")设置为master.R。但是，如果我打开wd文件并运行所有块，mypath/testknit/scripts将设置为根目录.rmd，并且option1块运行。

我需要工作目录来保留项目根目录。这对我来说似乎不是一个优雅的解决方案，而是在改变：

wd

到

mypath/testknit

让我在```{r setup} library(knitr) opts_knit$set(root.dir='../') ```文件或```{r setup} library(knitr) wd <- ifelse(basename(getwd())=="scripts", gsub("/scripts", "", getwd()), getwd()) opts_knit$set(root.dir=wd) ``` .rmd之后运行所有块。它有效，但感觉我采取了错误的方法。

Answer 1

@Yihui：也许你可以使用../使normalizePath('../')成为绝对路径。一个相对的工作目录可能令人困惑（至少在我读了太多级别的相对路径之后，我的头疼了:)。顺便说一句，当您在RStudio中编织HTML时，RStudio首先将工作目录更改为输入Rmd文件。

我：是的！仅使用opts_knit$set(root.dir=normalizePath('../'))可以从.rmd编织master.R文件并编织到html或运行.rmd内的所有块。我更新了github example。 test-b.rmd现在显示了这一点。谢谢！

从master .R文件编织.rmd时，无法在.rmd块中查找文件源

1 个答案: