Question

我有一个跟随字符串 - “AACCGGTTT”（字母是[“A”，“G”，“C”，“T”]）。我想在任意两个位置生成与原始字符串不同的所有字符串，即

GAGCGGTTT
^ ^ 
TATCGGTTT
^ ^

我怎样才能用Python做到这一点？

我只有蛮力解决方案（它正在运行）：

生成给定字母表中长度相同的所有字符串
追加与给定字符串有两个不匹配的字符串

但是，您能否提出更有效的方法呢？

Answer 1

我可能会使用itertools。也许像是

from itertools import combinations, product

def generate(s, d=2):
    N = len(s)
    letters = 'ACGT'
    pool = list(s)

    for indices in combinations(range(N), d):
        for replacements in product(letters, repeat=d):
            skip = False
            for i, a in zip(indices, replacements):
                if pool[i] == a: skip = True
            if skip: continue

            keys = dict(zip(indices, replacements))
            yield ''.join([pool[i] if i not in indices else keys[i] 
                           for i in range(N)])

然后只是

list(generate("AACCGGTTT"))

如何用d-mismatches生成所有字符串，python

1 个答案: