我想在不使用pymc的情况下对我生成的样本使用pymc诊断和汇总函数。举个例子,我想在我自己的一组样本上使用pymc的mc_error例程。
一些pymc诊断函数可以采用np.array样本,但是,如果我理解正确,其他人似乎需要一个跟踪对象。如何将我自己的样本集转换为pymc可以处理的跟踪对象?我很感激任何指针。
我的样本目前存储为字典,其中每个键都是我正在采样的变量的名称,并指向np.array样本。
谢谢!
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您在谈论batchsd
功能吗?这就是用于计算PyMC 2中MC错误的内容。它位于pymc.database.base
模块中,可以在任何阵列上使用。
pymc.diagnostics
模块包含所有收敛诊断功能,并且应该适用于numpy数组。
答案 1 :(得分:0)
供将来参考,一些PyMC *开发人员正在分离一个名为ArviZ的独立程序包,其中包含用于诊断和可视化MCMC样本的功能等。截至2018年秋季,它仍在大量开发中,但目前与xarray format一起使用,这是熊猫的扩展,用于处理张量格式的数据。