Question

我正在尝试将openmp应用于以下代码段的parallize，如下所示。但是，没有openmp衍生产品，并行代码的运行速度比串行代码慢。我在64位Linux平台上运行并使用gfortran进行编译。您对如何正确地做到这一点的意见和建议表示赞赏！

        call omp_set_num_threads(4)

    do i = 2, natoms - 1

          rti(1:3) = R_for(i,1:3)
          fti(1:3) = ftmp(i,1:3)

    !$OMP PARALLEL DO DEFAULT(SHARED)&
    !$OMP& private(rtij,rsqij,rsqijinv,sr2,sr6,sr12,vij,wij,fij,ftij,ncut)&
    !$OMP& REDUCTION(+:vtmp,wtmp,ftmp,fti) &
    !$OMP& firstprivate(i,rti,R_for)

    do j = i + 1, natoms
        rtij = rti - R_for(j,1:3)
        rtij = rtij - boxl*idnint( rtij*boxlinv )
        rsqij = sum(rtij**2)

                if(rsqij.lt.rcutsq) then
                   rsqijinv = 1d0/rsqij
                   sr2 = sigsq*rsqijinv
                   sr6 = sr2*sr2*sr2
                   sr12 = sr6*sr6
                   vij = sr12 - sr6
                   vtmp = vtmp + vij
                   wij = vij + sr12
                   wtmp = wtmp + wij
                   fij = wij*rsqijinv

                   ftij = fij*rtij
                   fti = fti + ftij
                   ftmp(j,1:3) = ftmp(j,1:3) - ftij(1:3)
                   ncut = ncut + 1
                endif
enddo
    !$OMP END PARALLEL DO

        ftmp(i,1:3) = fti(1:3) 
enddo

Answer 1

正如Tony Hopkinson所提到的，线程创建引入了一些开销，因此您应该将并行区域移出外部循环并将共享变量的赋值放入工作共享或单个构造中。

然后，您可以使用具有线程数长度的数组来存储线程局部部分和，而不是仅在循环完成后执行减少vtmp和wtmp，例如似乎无处可用，并且可以即使在外环之后也会减少。由于if条件，从迭代到迭代，你的循环可能会严重失衡，并且使用一些动态调度可能是有益的。

openmp fortran代码比串行代码运行得慢

1 个答案: