Question

我一直在尝试使用BioPerl编写代码，该代码将查询Genbank中的特定蛋白质，然后将结果打印到fasta文件中。到目前为止我的代码工作，我可以将结果打印到屏幕上，但不能打印到文件。我已经对BioPerl网站和其他来源（CPAN，PerlMonks等）进行了大量研究，但我找不到任何可以解决我问题的方法。我理解如何从文件中读取内容然后将输出打印到新文件（使用SeqIO），但我遇到的问题似乎是我希望程序读取的内容不存储在文本或FASTA文件中，但是是数据库查询的结果。救命？我是一名初学者，是Perl / BioPerl的新手，也是一般编程人员。

这是我到目前为止的代码：

#!usr/bin/perl
use Bio::DB::GenBank;
use Bio::DB::Query::GenBank;
use Bio::Seq;

$query = "Homo sapiens[ORGN] AND TFII-I[TITL]";

$query_obj = Bio::DB::Query::GenBank->new(-db => 'protein', -query => $query);

$gb_obj = Bio::DB::GenBank->new;

$stream_obj = $gb_obj->get_Stream_by_query($query_obj);
while ($seq_obj = $stream_obj->next_seq) 
{print $seq_obj->desc, "\t", $seq_obj->seq, "\n";
}

所以，我想在最后一行做的不是打印到屏幕上，而是以fasta格式打印到文件。

谢谢，〜杰

Answer 1

假设你有数据来创建一个fasta seq（你似乎在做），你可以使用Bio::FASTASequence模块seq2file函数吗？我从未使用它，也不是生物信息学专家，只是看到那里的选项并认为它可能对你有用。

Answer 2

你的代码实际上非常接近，你在循环中返回一个Bio :: Seq对象，你只需要创建一个Bio :: SeqIO对象，它可以处理这些对象并将它们写入文件（“myseqs。 fasta“是示例中的文件。”

#!usr/bin/env perl                                                                                                                                                               

use strict;
use warnings;
use Bio::DB::GenBank;
use Bio::DB::Query::GenBank;
use Bio::SeqIO;

my $query = "Homo sapiens[ORGN] AND TFII-I[TITL]";

my $query_obj = Bio::DB::Query::GenBank->new(-db => 'protein', -query => $query);

my $gb_obj = Bio::DB::GenBank->new(-format => 'fasta');

my $stream_obj = $gb_obj->get_Stream_by_query($query_obj);
my $seq_out = Bio::SeqIO->new(-file => ">myseqs.fasta", -format => 'fasta');

while (my $seq_obj = $stream_obj->next_seq) {
    $seq_out->write_seq($seq_obj);
}

另请注意，我在脚本顶部添加了use strict;和use warnings;。这将有助于解决大多数“为什么这不起作用？”通过生成诊断消息的问题类型，最好包括这些行。

如何查询Genbank并将结果打印到fasta文件？

2 个答案: