我有一系列字符，我使用Matlab函数'multialign'进行多对齐。结果是带有多对齐序列的char矩阵：
e.g。只有3个seqences。
----GC
AT--GC
ATGCGC
接下来，我根据序列之间的相似性对比对的每一列进行评分。在前面的示例中：在第一列中，'A'是最常见的符号，它出现3次中的2次，因此得分为2/3，在最后一列中每次出现字母“C”所以我得分它1，依此类推。最终得分是单个得分的平均值。
现在真正的问题：我使用一个函数创建这些序列，该函数使用阈值来决定是否添加char，因此我可以使用更短或更长的序列。这是另一个具有不同阈值的示例，我以相同的方式得分：
-----ATATGGCGC
AT-ATGCA-G-C--
ATG-TGC--G-C--
我想使用fminsearch来搜索最佳阈值，但我的问题是只更改阈值，分数不会改变，因此fminsearch使用的算法不起作用（例如，如果你从10开始为下一步选择的值类似于9.75 ......）。
这是我做的伪Matlab代码：
[bestthr, bestscore] = fminsearch(@(x) fcnthr(data,x),[10]);
function score = fcnthr(data,thr)
sequences = generateSequencesFromData(data,thr);
multialignmatrix = multialign(sequences);
score = scorealignments(multialignmatrix);
score = 1/score; %I want to find the maximum score so fminsearch searches the minimum of 1/score.
end
有人可以帮助我吗？