用python制作动态自定义图形

Question

我目前正在开展一个需要制作自定义图表(here are some examples)的项目。这些图基于DNA或蛋白质比对，其中x轴位于DNA或蛋白质序列中，并且字母的高度是在该位置发生的碱基或氨基酸的频率。我可以做所有的计算，但这是我第一次尝试制作图形，甚至不知道从哪里开始弄清楚如何制作这个。欢迎任何帮助，这个项目需要在python（生物信息学世界的当前炒作）。

Answer 1

查看matplotlib for python

http://matplotlib.org/

Answer 2

您应该检查与（序列）Motifs搜索相关的程序 Biopython有module for this purpose。

此外，您可以检查LaiaMotifs（此处为作者）的来源，该来源针对多肽，但可以很容易地适应DNA。

这是LaiaMotifs可以获得的典型数字：

为了回答关于策略的问题，LaiaMotifs使用每个氨基酸的图像。然后，它计算每个位置的频率，并考虑这些值调整图像大小。每个位置都是一列字母。最后，您将加入图中的所有列。对于所有这些图像处理，您使用PIL库。