Question

在R中开发包时，所有R源文件都放在子目录R/中，所有已编译的代码都放在子目录src/中。

我想将一些组织添加到这些文件夹中的文件，而不是将所有内容转储到顶层。例如，假设我假设开发了一个客户端 - 服务器应用程序。从逻辑上讲，我想在R/client/和R/server/中的所有服务器R源文件中组织我的所有客户端R源文件。

在开发包时是否可以在子文件夹中组织代码，如果是，如何？ Writing R Extensions手册未提供任何指导，R CMD build也未检测R/下的子文件夹中存储的文件。

Answer 1

将评论扩展到Hadley的IMHO错误答案：

查看Matrix包（由R Core成员编写），其中包含五个文件夹src/，其中两个包含其他子文件夹。其他示例是由R Core成员编写和维护的Rsymphony包（co-）。

这样做不适合胆小的人。 R 强烈更喜欢整个src/Makevars上的src/Makefile片段，以便能够为不同的子体系结构构建自己的Makefile版本。但是，如果你知道一点点制作并且愿意投入精力，这完全可行 - 并且已经完成了。

但仍然没有推荐它。

Answer 2

如果没有其他设置（如定义自定义makefile），则无法使用子文件夹。您可以做的最好的事情是使用前缀：client-a.r，client-b.r，server-a.r，server-b.r等。

Answer 3

Recognizing the thread is a bit old, I just thought I'd throw in my solution to this problem. Note that my issue is similar, but I am only concerned with preserving folder hierarchies in development.

In development, I organize my script files in subfolders to my heart's content, but rather than fight R's flat hierarchy in production, I added my own "compile-time constant", so to speak.

That is, in every file located in a subfolder (not in top-level scripts/), I add the following:

if (!exists("script.debug"))
    script.debug = FALSE

Then, I load whatever other dependencies are required as follows:

source.list <- c(
            "script_1.R",
            "script_2.R",
            "script_3.R",
            "script_4.R"
             )

if (script.debug)
    source.list <- paste("./script_subfolder/", source.list, sep="")

lapply(source.list, source)

The default assumption is that the code is in production, (source.debug = FALSE), so when in development, just ensure that source.debug = TRUE and the project's script/ folder is set as the working directory before loading any script files.

Of course, this example's a bit simple - it assumes that all script file dependencies exist in the same folder, but it seems a simple issue to devise a system that would suit more complicated development folder hierarchies.

Answer 4

我与R核心团队Allow for sub-folders in "package/R/" directory争论。他们似乎并不想改善它。所以我的工作流程如下。

1）创建一个与其他包相同的R项目，但允许文件夹R/中的子目录，例如

R/mcmc/a.R R/mcmc/b.R R/prediction/p1.R R/predection/p2.R

2）当我需要打包它们时，我将R/下的所有文件转换为

R/mcmc_a.R R/mcmc_b.R R/prediction_p1.R R/predection_p2.R ... 使用我的package.flatten()功能

3）然后我将扁平版本安装到R。

我写了一个简单的Linux脚本来做所有事情

https://github.com/feng-li/flutils/blob/master/inst/bin/install.HS

R包开发中的代码组织

4 个答案: