Question

我有一个名为a.r的文件，其chmod为755，

sayHello <- function(){
   print('hello')
}

sayHello()

如何通过命令行运行？

Answer 1

如果要将输出打印到终端，最好使用Rscript

Rscript a.R

请注意，使用R CMD BATCH a.R而不是将输出重定向到标准输出并在终端上显示时，将创建一个名为a.Rout的新文件。

R CMD BATCH a.R
# Check the output
cat a.Rout

关于使用Rscript的另一个注意事项是它默认不加载methods包，这可能会导致混淆。因此，如果您依赖于方法提供的任何内容，您将需要在脚本中明确加载它。

如果您真的想使用./a.R方式调用脚本，可以在脚本顶部添加适当的#!

#!/usr/bin/env Rscript
sayHello <- function(){
   print('hello')
}

sayHello()

我还要注意，如果你在* unix系统上运行，那么有一个有用的littler包可以为R提供简单的命令行管道。

Answer 2

这不直接回答问题。但有人可能会在这里结束，因为他们想从终端运行R的oneliner。例如，如果您只想安装一些丢失的软件包并退出，这个oneliner可以非常方便。当我突然发现我错过了一些软件包时，我经常使用它，我想将它们安装到我想要的地方。

R -e 'install.packages(c("package1", "package2"))' # install to default location. 
sudo R -e 'install.packages(c("package1", "package2"), lib="/usr/local/lib/R/site-library")' # install to location that requires root.

Answer 3

从命令行运行R脚本的另一种方法是：

R < scriptName.R --no-save

或--save。

另见copy constructor。

Answer 4

您需要?Rscript命令才能从终端运行R脚本。

查看http://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/utils/html/Rscript.html

实施例

## example #! script for a Unix-alike

#! /path/to/Rscript --vanilla --default-packages=utils
args <- commandArgs(TRUE)
res <- try(install.packages(args))
if(inherits(res, "try-error")) q(status=1) else q()

Answer 5

如何使用knitr和rmarkdown通过多个命令在命令中运行Rmd，然后将HTML文件上传到RPubs

这是一个示例：加载两个库并运行R命令

R -e 'library("rmarkdown");library("knitr");rmarkdown::render("NormalDevconJuly.Rmd")'

R -e 'library("markdown");rpubsUpload("normalDev","NormalDevconJuly.html")'

Answer 6

将* Rscript用于* Unix系统的另一种方法是Process Substitution。

Rscript <(zcat a.r)
# [1] "hello"

这显然与接受的答案相同，但这允许您操作和运行文件而不保存命令行的功能，例如：

Rscript <(sed s/hello/bye/ a.r)
# [1] "bye"

与Rscript -e "Rcode"类似，它也允许在不保存到文件的情况下运行。因此它可以与生成R代码的脚本结合使用，例如：

Rscript <(echo "head(iris,2)")
# Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species
# 1          5.1         3.5          1.4         0.2  setosa
# 2          4.9         3.0          1.4         0.2  setosa

Answer 7

仅供参考。您需要以sudo：

运行脚本

sudo Rscript path/to/your/file.R

从命令行运行R脚本

7 个答案: