我试图在biopython中使用浮雕来检索两个序列的比对得分。我知道的唯一方法是从emboss生成的输出文本文件中检索它。问题是将有数百个这样的文件要迭代。是否有更简单/更清晰的方法来检索对齐分数，而不是诉诸于此？这是我正在使用的代码的主要部分。
From Bio.Emboss.Applications import StretcherCommandline
needle_cline = StretcherCommandline(asequence=,bsequence=,gapopen=,gapextend=,outfile=)
stdout, stderr = needle_cline()
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我遇到了同样的问题，经过一段时间寻找一个简洁的解决方案后，我突然出现了一面白旗。
但是，为了显着加快输出文件的处理速度，我做了以下事情：
1）我使用 re python模块处理正则表达式以提取所需的所有数据。
2）我为输出文件创建了一个ramdisk空间。在这里使用ramdisk允许处理和交换RAM内存中的所有数据（比从硬盘驱动器写入和读取输出文件快得多，更不用说它可以在处理大量对齐时保存你的硬盘）。 / p>