在R.工作 数据跟踪大脑活动随时间的变化。列“标记”包含特定治疗开始和结束时的信息。例如,第一个条件(标记== 1)从第3行开始,到第6行结束。第二个实验条件(标记== 2)从第9行开始,到第12行结束。在行之间重复另一批处理1 15和18。
ob.id <- c(1:20)
mark <- c(0,0,1,0,0,1,0,0,2,0,0,2,0,0,1,0,0,1,0,0)
condition<-c(0,0,1,1,1,1,0,0,2,2,2,2,0,0,1, 1,1,1,0,0)
start <- data.frame(ob.id,mark)
result<-data.frame(ob.id,mark,condition)
print (start)
> print (start)
ob.id mark
1 1 0
2 2 0
3 3 1
4 4 0
5 5 0
6 6 1
7 7 0
8 8 0
9 9 2
10 10 0
11 11 0
12 12 2
13 13 0
14 14 0
15 15 1
16 16 0
17 17 0
18 18 1
19 19 0
20 20 0
我需要创建一个列,该列具有一个虚拟变量,指示相应实验条件下观察的成员资格,如下所示:
> print(result)
ob.id mark condition
1 1 0 0
2 2 0 0
3 3 1 1
4 4 0 1
5 5 0 1
6 6 1 1
7 7 0 0
8 8 0 0
9 9 2 2
10 10 0 2
11 11 0 2
12 12 2 2
13 13 0 0
14 14 0 0
15 15 1 1
16 16 0 1
17 17 0 1
18 18 1 1
19 19 0 0
20 20 0 0
感谢您的帮助!
答案 0 :(得分:4)
这是我能想到的一种方式:
# Find where experiments stop and start
ind <- which( result$mark != 0 )
[1] 3 6 9 12 15 18
# Make a matrix of the start and stop indices taking odd and even elements of the vector
idx <- cbind( head(ind , -1)[ 1:length(ind) %% 2 == 1 ] ,tail( ind , -1)[ 1:length(ind) %% 2 == 1 ] )
[,1] [,2]
[1,] 3 6
[2,] 9 12
[3,] 15 18
我意识到只需使用奇数和偶数元素就可以使上述索引矩阵更容易:
idx <- cbind( ind[ 1:length(ind) %% 2 == 1 ] , ind[ 1:length(ind) %% 2 != 1 ] )
# Make vector of row indices to turn to 1's
ones <- as.vector( apply( idx , 1 , function(x) c( x[1]:x[2] ) ) )
# Make your new column and turn appropriate rows to 1
result$condition <- 0
result$condition[ ones ] <- 1
result
# ob.id mark condition
#1 1 0 0
#2 2 0 0
#3 3 1 1
#4 4 1 1
#5 5 1 1
#6 6 1 1
#7 7 0 0
#8 8 0 0
#9 9 1 1
#10 10 1 1
#11 11 1 1
#12 12 1 1
#13 13 0 0
#14 14 0 0
#15 15 1 1
#16 16 1 1
#17 17 1 1
#18 18 1 1
#19 19 0 0
#20 20 0 0
@eddi指出我需要把实验的价值放进去,而不只是一个。所以这是另一种使用 gasp (!)一个for
循环的策略。如果您有数百万成千上万的实验(记得预先分配结果向量),这只会是非常有害的:
ind <- matrix( which( start$mark != 0 ) , ncol = 2 , byrow = TRUE )
ind <- cbind( ind , start$mark[ ind[ , 1 ] ] )
# [,1] [,2] [,3]
#[1,] 3 6 1
#[2,] 9 12 2
#[3,] 15 18 1
res <- integer( nrow( start ) )
for( i in 1:nrow(ind) ){
res[ ind[i,1]:ind[i,2] ] <- ind[i,3]
}
[1] 0 0 1 1 1 1 0 0 2 2 2 2 0 0 1 1 1 1 0 0
答案 1 :(得分:4)
这是一个有趣的小问题。我在下面使用的技巧是首先计算rle
向量的mark
,这会使问题更简单,因为生成的values
向量将始终只有一个0,可能会也可能不会需要更换(取决于周围的值)。
# example vector with some edge cases
v = c(0,0,1,0,0,0,1,2,0,0,2,0,0,1,0,0,0,0,1,2,0,2)
v.rle = rle(v)
v.rle
#Run Length Encoding
# lengths: int [1:14] 2 1 3 1 1 2 1 2 1 4 ...
# values : num [1:14] 0 1 0 1 2 0 2 0 1 0 ...
vals = rle(v)$values
# find the 0's that need to be replaced and replace by the previous value
idx = which(tail(head(vals,-1),-1) == 0 & (head(vals,-2) == tail(vals,-2)))
vals[idx + 1] <- vals[idx]
# finally go back to the original vector
v.rle$values = vals
inverse.rle(v.rle)
# [1] 0 0 1 1 1 1 1 2 2 2 2 0 0 1 1 1 1 1 1 2 2 2
最不麻烦的事情可能是将上述内容放在一个函数中,然后将其应用于data.frame
向量(而不是明确地操作向量)。
另一种方法,基于@ SimonO101的观察,涉及从起始数据构建正确的组(分别运行by
部分,逐一查看它是如何工作的):
library(data.table)
dt = data.table(start)
dt[, result := mark[1],
by = {tmp = rep(0, length(mark));
tmp[which(mark != 0)[c(F,T)]] = 1;
cumsum(mark != 0) - tmp}]
dt
# ob.id mark result
# 1: 1 0 0
# 2: 2 0 0
# 3: 3 1 1
# 4: 4 0 1
# 5: 5 0 1
# 6: 6 1 1
# 7: 7 0 0
# 8: 8 0 0
# 9: 9 2 2
#10: 10 0 2
#11: 11 0 2
#12: 12 2 2
#13: 13 0 0
#14: 14 0 0
#15: 15 1 1
#16: 16 0 1
#17: 17 0 1
#18: 18 1 1
#19: 19 0 0
#20: 20 0 0
后一种方法可能更灵活。