Question

from random import randint

def replace_base_randomly_using_names(base_seq):
    """Return a sequence with the base at a randomly selected position of base_seq
    replaced by a base chosen randomly from the three bases that are not at that
    position."""
    position = randint(0, len(base_seq) - 1) # −1 because len is one past end
    base = base_seq[position]
    bases = 'TCAG'
    bases.replace(base, '') # replace with empty string!
    newbase = bases[randint(0,2)]
    beginning = base_seq[0:position] # up to position
    end = base_seq[position+1:] # omitting the base at position
    return beginning + newbase + end

这应该模拟一个突变。我不明白如何选择不同的基础（来自TCAG内部）以确保基础确实改变，正如doctype所提到的那样。

编辑：

上述代码的另一个版本执行相同的操作：

def replace_base_randomly(base_seq):
    position = randint(0, len(base_seq) - 1)
    bases = 'TCAG'.replace(base_seq[position], '')
    return (base_seq[0:position] +
            bases [randint(0,2)] +
            base_seq[position+1:])

要明确的是，我的问题是如何用不同的基础替换基础？

Answer 1

考虑将print语句交错到代码中，你可以看到它正在做什么。这是算法：

在字符串中选择随机索引。将其保存为“位置”。
将该索引处的字符保存为“base”。
在“TCAG”列表中，将字符“base”替换为空字符串，并将该列表保存为“bases”（因此它将包含不是索引“position”处的每个基数）。
从“bases”中选择一个随机字符，并将该字符另存为“newbase”。（因此，在移除您最初随机挑选的基地后，它将成为剩下的三个基地之一。）
返回三个字符串的串联：原始字符串，但不包括“position”，“newbase”和原始字符串，但不包括“newbase”。

它不会编辑字符串 - 它会从旧字符串的两个部分再加上新的字符串创建一个新字符串，然后返回该字符串。

Answer 2

字符串在python中是不可变的，您应该将从bases.replace(base, '')返回的字符串重新分配给bases。

bases = bases.replace(base, '')

Answer 3

行bases.replace(base, '')实际上并未更改bases字符串。要更改bases字符串，您必须设置bases = bases.replace(base, '')。自己测试

bases = 'ACGT'
base = 'A'
print bases #prints 'ACGT'
bases.replace(base, '')
print bases #prints 'ACGT'
bases = bases.replace(base, '')
print bases #prints 'CGT'

从这里开始，现在可能的碱基列表已经减少到只有突变的碱基，该函数随机选择一个带bases[randint(0, 2)]的碱基并将其附加到新序列。

删除字符串中的字符，用包含原始字符的列表中的不同字符替换

3 个答案: