Question

我正在尝试在2个批次的数据集上运行ComBat脚本，但我收到错误，我不知道如何检查代码，因为我是R新手。

我正在以这种方式运行ComBat方法：

# Load sva
library(sva)
# Read expression values
dat = read.table('dataset.xls', header=TRUE, sep='\t')
# Read sample information file about batches
sif = read.delim('sif.tsv', header=TRUE, sep='\t')
# Call ComBat
ComBat(dat=dat,batch=sif$Batch, mod=NULL)

无论如何我的输出是：

Found 2 batches
Found 0  categorical covariate(s)
Found 54675 Missing Data Values
Standardizing Data across genes
Error in solve(t(des) %*% des) %*% t(des) %*% y1 : 
  requires numeric/complex matrix/vector arguments

dat的数据格式为：

probe set    <sample1>   ...    <sampleN>
<gene_name>  <value1>    ...    <valueN>
...

sif的数据格式为：

Array name   Sample name   Batch
<Array1>     <Sample1>     <Batch1>
...

任何提示都表示赞赏。如果需要，我会提供更多信息。

由于

Answer 1

看起来当你在阅读信息时，它并没有以你期望的格式存储它。

根据错误，ComBat预计matrix的值为numeric或complex。来自记忆的read.table将为您提供data.frame。

所以试试跑步：

dat <- as.matrix(dat)
ComBat(dat=dat,batch=sif$Batch, mod=NULL)

Answer 2

我已经想出了怎么做，添加：

# Remove NA from end of lines
l_dat = length(dat)
dat[l_dat] <- NULL
# Remove probe set from beginning of lines
dat[1] <- NULL

就在ComBat电话会议之前。这是因为最后一列包含NA值（下一个警告消失：

Found 54675 Missing Data Values

），第一列包含引发下一个错误的探针集（非数字值）：

Error in solve(t(des) %*% des) %*% t(des) %*% y1 : 
  requires numeric/complex matrix/vector arguments

无法从R的sva库运行ComBat脚本

2 个答案: