在新安装的IPython / Python2.7中安装Biopython

时间:2013-06-07 03:36:44

标签: python-2.7 ipython biopython

我安装了Python2.7并且在安装scipy时遇到了一些问题。通过一些谷歌搜索,我从这里的一个线程(installing scipy on mac 10.6.8)中发现,最好使用MacPorts和IPython安装scipy。

IPython看起来很酷,我想尝试一下。到目前为止,太好了 - 我感到非常高兴,我自己可以做到这一切。

现在,我使用Python2.7安装了Biopython(此版本的Python2.7安装在文件夹/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7中)。

在我尝试Ipython时过于热心,我(想)我在新目录/opt/local/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7中重新安装了Python2.7,以及IPython,scipy等。

但是,现在我在新安装的Python2.7中没有Biopython。那么我是否必须在新安装的Python2.7中重新安装Biopython?

如果是,我该如何将安装指向此文件夹?

是否会如下所示(比如文件夹下载中有biopython-1.61.tar.gz):

cd Downloads
tar -xzvpf biopython-1.61.tar.gz
cd biopython-1.61
/opt/local/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/bin/python setup.py install

我想听听我是否在这里。不想尝试搞砸我到目前为止所拥有的东西!

我有Mac OS X V10.6.8。

2 个答案:

答案 0 :(得分:0)

以下内容适用于我(来自MacPorts Python installation on Mac):

  1. 使用MacPorts执行Python2.7 / iPython2.7安装默认

    $ sudo port select --set python python27
    $ sudo port select --set ipython ipython27
    
  2. 检查Biopython是否可通过MacPorts

    获得
    $ port search biopython
    
  3. 安装Biopython

    $ sudo port install py27-biopython  # install Biopython
    

答案 1 :(得分:-1)

对于刚接触Python的人来说,最艰难的事情之一就是找出所有软件包的安装。这是一项正在进行的工作,正在被Python社区积极讨论。

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