Python绘制具有频率分布百分比的图形

Question

我正在使用Python并且之前从未使用它来绘制情节，并且想知道是否有办法执行以下操作。我有一个包含百分比（DNA甲基化数据）列的文件。我想绘制分布频率（可能使用10的二进制数）来显示数据。有没有办法在python中这样做。

Answer 1

Matplotlib是您想要探索的工具。这是一个很好的教程，尝试完成该教程中的示例。 http://bespokeblog.wordpress.com/2011/07/11/basic-data-plotting-with-matplotlib-part-3-histograms/

本教程包括在ubuntu中安装matplotlib。如果您使用的是Windows，则应从http://matplotlib.org/downloads.html

下载安装程序

Answer 2

如果您的RAW甲基化数据以.idat文件的形式出现（Illumina使用此文件），请查看methylprep python程序包（及其相关的methylcheck程序包以进行绘图）。

对于甲基化数据，大多数人将样品绘制为beta distribution或m_value plot来显示每个探针的甲基化百分比（但实际上是从0到1的分数，而不是百分比）。

使用将是这样的：

CLI: `python -m methylprep process -d <folder_path_of_idats> --all`
python:
>>>import methylcheck
>>>df = methylcheck.load(<path>) # creates a pandas dataframe of all samples in the folder you are in, or path specified.
>>>methylcheck.sample_plot(df)

在下面的jupyter笔记本中生成的情节示例