在PyMOL中对齐2个小分子

Question

我想与PyMOL中的配体对齐，就像用蛋白质结构做的那样，但是我收到一条错误信息：

ExecutiveAlign: mobile selection must derive from one object only

我还将配件复制到单独的PDB文件中，将HETATM条目重命名为ATOM，但仍然出现此错误。我想知道为什么PyMOL在排列这些小分子方面存在问题。

PS：这些配体具有相似的结构，只有不同的坐标。

Answer 1

当你与对齐函数对齐时，首先通过序列比对将pymol种子结构对齐。

您可以使用pair_fit函数，但必须指定原子之间的相互作用。该函数有两个选择，每个元素一个，具有相同的原子数。

如果配体具有完全相同的化学结构，您可以直接传递物体，否则您将不得不进行适当的选择。

Answer 2

您是否通过GUI执行此操作？那是一个错误，align函数从GUI上无法使用。尝试通过命令行进行操作。

对齐mol1，mol2