无法在Ubuntu 13.04中的R 3.0中安装rJava

Question

我无法在rJava中致电R 3.0个套餐。我收到了以下消息

Error: package ‘rJava’ was built before R 3.0.0: please re-install it

我尝试重新安装rJava软件包时出错。我提供了R CMD javareconf

的输出

Java interpreter : /usr/bin/java
Java version     : 1.7.0_21
Java home path   : /usr/lib/jvm/java-7-openjdk-i386/jre
Java compiler    : /usr/lib/jvm/java-7-openjdk-i386/jre/../bin/javac
Java headers gen.: /usr/lib/jvm/java-7-openjdk-i386/jre/../bin/javah
Java archive tool: /usr/lib/jvm/java-7-openjdk-i386/jre/../bin/jar

trying to compile and link a JNI progam 
detected JNI cpp flags    : 
detected JNI linker flags : 
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG      -fpic  -O2 -pipe -g  -c conftest.c -o conftest.o
conftest.c:1:17: fatal error: jni.h: No such file or directory
compilation terminated.
make: *** [conftest.o] Error 1
Unable to compile a JNI program


Java library path: 
JNI cpp flags    : 
JNI linker flags : 
Updating Java configuration in /usr/lib/R
Done.

我使用的是Ubuntu 13.04。我也试过apt-get install r-cran-rjava，这无助于解决问题。关于jni.h，有一些解决方案here.但是，我不知道如何在这里使用解决方案。

Answer 1

我遇到了完全相同的问题。我的解决方案是通过

安装openjdk-7- *

sudo apt-get install openjdk-7-*

跟着

sudo R CMD javareconf

然后我可以通过install.packages("rJava")在R中安装rJava。

虽然也许不是最优雅的解决方案，但似乎解决了让rJava工作的问题。

Answer 2

对于那些得到错误的人：

error: unable to load shared object '/some/dir/rJava/libs/rJava.so': libjvm.so: 
cannot open shared object file: No such file or directory

我解决了在系统中定位库并将它们链接到/usr/lib：

的错误

$sudo updatedb
$locate libjvm.so
/usr/lib/debug/usr/lib/jvm/java-7-openjdk-amd64/jre/lib/amd64/server/libjvm.so
/usr/lib/debug/usr/lib/jvm/java-7-openjdk-amd64/jre/lib/amd64/zero/libjvm.so
/usr/lib/jvm/java-7-openjdk-amd64/jre/lib/amd64/jamvm/libjvm.so
/usr/lib/jvm/java-7-openjdk-amd64/jre/lib/amd64/server/libjvm.so
/usr/lib/jvm/java-7-openjdk-amd64/jre/lib/amd64/zero/libjvm.so
$sudo ln -s /usr/lib/jvm/java-7-openjdk-amd64/jre/lib/amd64/server/libjvm.so /usr/lib/ 

Answer 3

按this askUbuntu answer中的建议从分发包安装rJava也可以：

sudo apt-get install r-cran-rjava

注意：从Debian系统尝试过。

Answer 4

我也遇到了与RHEL8.1相同的错误，并按以下步骤解决了该问题：

yum --enablerepo=* install java-1.8* 

后来我运行了相同的命令，这给了我R服务器的错误日志。

R CMD javareconf

将变成以下输出。