提取相关矩阵的相关元素

Question

我在R中有一个相关矩阵，我想知道有多少组（并将这些组放入向量）元素之间的相关性超过95％。

X <- matrix(0,3,5) 
X[,1] <- c(1,2,3)
X[,2] <- c(1,2.2,3)*2
X[,3] <- c(1,2,3.3)*3
X[,4] <- c(6,5,1)
X[,5] <- c(6.1,5,1.2)*4

cor.matrix <- cor(X)
cor.matrix <- cor.matrix*lower.tri(cor.matrix)
cor.vector <- which(cor.matrix>0.95, arr.ind=TRUE)

cor.vector然后包含：

     row col 
[1,]   2   1 
[2,]   3   1 
[3,]   3   2 
[4,]   5   4 

这意味着，正如预期的那样，矢量1,2和3在它们之间相关，并且也与4和5相关。

我需要的是获得两个向量c(1,2,3)和c(4,5)作为最终结果。

这是一个简单的例子，我正在处理大型矩阵。

Answer 1

以下是使用igraph包的方法：

require(igraph)
g <- graph.data.frame(cor.vector, directed = FALSE)
split(unique(as.vector(cor.vector)), clusters(g)$membership)
# $`1`
# [1] 2 3 1

# $`2`
# [1] 5 4

这基本上是在图g中找到聚类（断开连接的集合），如下图所示。由于顶点用于按照您输入的顺序（从cor.vector）创建图形，因此聚类顺序也会以相同的顺序返回。即：对于顶点c（2,3,5,1,4），簇是c（1,1,2,1,2），总共有两个簇（簇1和簇2）。因此，我们只是使用它来使用群集组进行拆分。