Question

我尝试重新组织包含以下内容的文件格式：

>Humanl|chr16:86430087-86430726 | element 1 | positive
>Humanl|chr16:85620095-85621736 | element 2 | negative
>Humanl|chr16:80423343-80424652 | element 3 | negative
>Humanl|chr16:80372593-80373755 | element 4 | positive
>Humanl|chr16:79969907-79971297 | element 5 | negative
>Humanl|chr16:79949950-79951518 | element 6 | negative
>Humanl|chr16:79026563-79028162 | element 7 | negative
>Humanl|chr16:78933253-78934686 | element 9 | negative
>Humanl|chr16:78832182-78833595 | element 10 | negative

我的命令是：

awk '{FS="|";OFS="\t"} {print $1,$2,$3,$4,$5}'

这是输出：

>Human|chr16:86430087-86430726  |      element 1      |
>Human  chr16:85620095-85621736         element 2      negative
>Human  chr16:80423343-80424652         element 3      negative
>Human  chr16:80372593-80373755         element 4      positive
>Human  chr16:79969907-79971297         element 5      negative
>Human  chr16:79949950-79951518         element 6      negative
>Human  chr16:79026563-79028162         element 7      negative
>Human  chr16:78933253-78934686         element 9      negative
>Human  chr16:78832182-78833595         element 10     negative

除第一行外，每行都能正常工作。我不明白为什么会这样。

有人可以帮助我吗？谢谢！

Answer 1

简短回答

FS和OFS设置太晚而无法影响第一行，请使用类似的内容：

awk '{print $1,$2,$3,$4,$5}' FS='|' OFS='\t'

您也可以使用这个较短的版本：

awk -v FS='|' -v OFS='\t' '$1=$1'

答案稍长

它不起作用，因为awk在设置FS和OFS时已经执行了记录/字段拆分。您可以通过将$0设置为$0来强制重新拆分，例如：

awk '{FS="|";OFS="\t";$0=$0} {print $1,$2,$3,$4,$5}'

执行此操作的常规方法是1.在FS子句中设置BEGIN和其他方法，2。通过-v VAR=VALUE表示法设置它们，或者3.在脚本之后附加它们为VAR=VALUE。我喜欢的风格是最后一种选择：

awk '{print $1,$2,$3,$4,$5}' FS='|' OFS='\t'

请注意，设置-v和后脚本变量之间存在显着差异。 -v将在BEGIN子句之前设置变量，而在BEGIN子句之后设置变量的后脚本设置。

Answer 2

尝试：

awk 'BEGIN{FS="|";OFS="\t"} {print $1,$2,$3,$4,$5}'

简单的awk命令问题（FS，OFS相关）

2 个答案:

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