R即使使用mclapply,检查重复项也非常缓慢

时间:2013-03-28 19:39:48

标签: r optimization multicore domc mclapply

我有一些数据涉及一堆具有独特ID的汽车的重复销售。一辆车可以卖不止一次。

然而,有些ID是错误的,所以我正在检查每个Id,如果在多次销售中记录的大小相同。如果不是,那么我知道Id是错误的。

我正在尝试使用以下代码执行此操作:

library("doMC")

Data <- data.frame(ID=c(15432,67325,34623,15432,67325,34623),Size=c("Big","Med","Small","Big","Med","Big"))
compare <- function(v) all(sapply( as.list(v[-1]), FUN=function(z) {isTRUE(all.equal(z, v[1]))}))

IsGoodId = function(Id){
  Sub = Data[Data$ID==Id,]
  if (length(Sub[,1]) > 1){
    return(compare(Sub[,"Size"]))
  }else{
    return(TRUE)
  }
}

WhichAreGood = mclapply(unique(Data$ID),IsGoodId)

但是我的四核i5非常痛苦,非常慢。

谁能看到瓶颈在哪里?我是R优化的新手。

谢谢, -N

1 个答案:

答案 0 :(得分:4)

看起来您的算法进行了N ^ 2比较。也许以下类似的东西会更好地扩展。我们发现重复销售,认为这是总数的一小部分。

dups = unique(Data$ID[duplicated(Data$ID)])
DupData = Data[Data$ID %in% dups,,drop=FALSE]

%in%运算符非常好。然后根据id拆分size列,检查具有多个大小的id

tapply(DupData$Size, DupData$ID, function(x) length(unique(x)) != 1)

这给出了一个命名的逻辑向量,其中TRUE表示每个id有多个大小。这与重复销售的数量大致呈线性关系;有一些聪明的方法可以让它变得更快,所以如果你的重复数据本身很大......

嗯,考虑一下这个,我想

u = unique(Data)
u$ID[duplicated(u$ID)]

诀窍。