从perl在linux中运行程序

Question

我想通过使用系统命令（或任何其他方式）从perl运行程序。

系统（ “samtools”）;

我认为它应该将此传递给shell但它抱怨，当我运行它时，不能执行“samtools”文件或目录不存在。我已尝试过许多其他不同的程序，例如

系统（ “velveth”）;

它运作正常但不是这个（samtools）。你们中间有人面临这个问题吗？ 我真的很困惑。

Answer 1

您可以为该文件位置提供完整路径。

示例：

system( "/usr/bin/perl -de 1");

Answer 2

尝试将Linux命令放在``字符中。也会起作用。

Answer 3

您是否手动修改了当前shell中$path的{​​{1}}？

由于samtools启动了一个新的子shell来运行您的命令，因此如果system中不存在samtools，则必须自己附加.bashrc的搜索路径。检查：

perl -e 'system("echo \$PATH")'

和

echo $PATH

看看是否有任何差异。