Question

所以我最近经常遇到这个问题。假设我有一个文本文件，我需要从中读取文件，将一些值存储在列表中。接下来，我想使用该列表中的信息来编辑另一个文件我一直在打开文件，将变量存储在列表中，关闭文件。再次打开文件，运行实际分析并再次关闭文件我认为可能有更好的方法来解决这个问题。我在下面列举了一个例子......

一如既往，我将不胜感激任何帮助/建议！

我有这个文件：

>sctg_0002_0001  length=2745
TCCCCCTCCCGTACCGGTTTGCGCTATTATACCGGCCTTGAATCGAGCAAAGGCTCCAAACAATTTCATTACAAACAGATTGGGGATGTATGACGTGGCT
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
TTGACACGCTTGTTTCTGATGTCATCACCCATGAAGAGCTGTTATTTGGCCACCTGGCGTTCCTGCCTAAGCGTTGAGTGAATATTAAACACCTCTGCCC
>sctg_0003_0001  length=2175
CAACAACCACTCTTAGCGCTGCTTGCCGCTGCCGATACCGAACGGGATGCGGTAGTCGCTGCTCTGCTCACCCAGACTCACGGTCAGGTTGCCCTGAGTA
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
...

当我运行此脚本时

from Bio import SeqIO
out=open("out.txt","a")
ID=[]
for record in SeqIO.parse("input.fas","fasta"):
    ID.append("_".join(str(record.id).rsplit("_")[1:])) #get the part following the ">"

n=1
for record in SeqIO.parse("input.fas","fasta"):
    if n==len(ID):
        #print >>out, n
        print >>out, "SEQUENCE_ID="+record.id+"e_"+ID[0]+"b"
        print >>out, "SEQUENCE_TEMPLATE ="+record.seq
        print >>out, "="
        n=n+1
        break
    else:
        #print >>out, n
        print >>out, "SEQUENCE_ID="+record.id+"e_"+ID[n]+"b"
        print >>out, "SEQUENCE_TEMPLATE ="+record.seq
        print >>out, "="
        n=n+1
out.close()

我得到了预期的输出，但我认为可能有更好的方法来实现它

SEQUENCE_ID=sctg_0002_0001e_0003_0001b
SEQUENCE_TEMPLATE =TCCCCCTCCCGTACCGGTTTGCGCTATTATACCGGCCTTGAATCGAGCAAAGGCTCCAAACAATTTCATTACAAACAGATTGGGGATGTATGACGTGGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGACACGCTTGTTTCTGATGTCATCACCCATGAAGAGCTGTTATTTGGCCACCTGGCGTTCCTGCCTAAGCGTTGAGTGAATATTAAACACCTCTGCCC
=
SEQUENCE_ID=sctg_0003_0001e_0004_0001b
SEQUENCE_TEMPLATE =CAACAACCACTCTTAGCGCTGCTTGCCGCTGCCGATACCGAACGGGATGCGGTAGTCGCTGCTCTGCTCACCCAGACTCACGGTCAGGTTGCCCTGAGTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
=
SEQUENCE_ID=sctg_0004_0001e_0005_0001b
SEQUENCE_TEMPLATE =CAACAACCACTCTTAGCGCTGCTTGCCGCTGCCGATACCGAACGGGATGCGGTAGTCGCTGCTCTGCTCACCCAGACTCACGGTCAGGTTGCCCTGAGTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
=
SEQUENCE_ID=sctg_0005_0001e_0002_0001b
SEQUENCE_TEMPLATE =CAACAACCACTCTTAGCGCTGCTTGCCGCTGCCGATACCGAACGGGATGCGGTAGTCGCTGCTCTGCTCACCCAGACTCACGGTCAGGTTGCCCTGAGTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
=

Answer 1

您只能在一个循环中执行所有处理，并避免使用列表ID。我认为它更清洁：

from Bio import SeqIO
out = open("out.txt", "a")
records = list(SeqIO.parse("input.fas","fasta"))
previous = records[-1]
for record in records:
    id = "_".join(str(record.id).rsplit("_")[1:])
    out.write("SEQUENCE_ID=" + previous.id + "e_" + id + "b\n")
    out.write("SEQUENCE_TEMPLATE =%s\n=\n" % previous.seq)
    previous = record
out.close()

在python中，如何暂时从文件中提取信息，并使用该信息来操作同一个文件

1 个答案: