Question

我尝试了一段时间为我的EPD-python安装python-igraph-0.6模块。我构建了C-core，并按照我在各个站点上的说明进行操作：

/home/joseph/epd/bin/python setup.py build

或

/home/joseph/epd/bin/python setup.py install

并且它始终生成相同的错误：

error: command 'gcc' failed with exit status 1

我可能需要解释：'gcc'无法正常工作（但我已经使用./configure，make，make install编译了C部分）或某些东西没有正确链接。我已经看过类似帖子并安装了python-devel包等等...... 但没有改变。

完整输出是：

[root@joseph python-igraph-0.6]# /home/joseph/epd/bin/python setup.py build
Using default include and library paths for compilation
If the compilation fails, please edit the LIBIGRAPH_FALLBACK_*
variables in setup.py or include_dirs and library_dirs in 
setup.cfg to point to the correct directories and libraries
where the C core of igraph is installed
()
Include path: /usr/include /usr/local/include
Library path: 
running build
running build_py
running build_ext
building 'igraph._igraph' extension
gcc -pthread -fno-strict-aliasing -g -O2 -DNDEBUG -O2 -fPIC -I/usr/include     -I/usr        /local    /include -I../../build/include -I../../include -I/usr/local    /include -I/usr/include -I/home/joseph/epd/include/python2.7 -c src/common.c -o     build/temp.linux-x86_64-2.7/src/common.o
gcc -pthread -fno-strict-aliasing -g -O2 -DNDEBUG -O2 -fPIC -I/usr/include -I/usr/local/include -I../../build/include -I../../include -I/usr/local/include -I/usr/include -I/home/joseph/epd/include/python2.7 -c src/arpackobject.c -o build/temp.linux-x86_64-2.7/src/arpackobject.o
In file included from src/arpackobject.c:23:0:
src/arpackobject.h:27:27: fatal error: igraph_arpack.h: No such file or directory
compilation terminated.
error: command 'gcc' failed with exit status 1

Answer 1

您收到的错误消息表明编译器无法找到绑定到igraph的C核心所需的标头。特别是，它缺少一个名为igraph_arpack.h的文件，但这不是唯一的文件，在此消息之后会有更多的gcc继续编译。

igraph的Python接口的setup.py脚本依赖pkg-config来确定在哪里找到标题，但在你的系统中这会失败，可能是因为pkg-config本身没有安装。所以，我想解决方案如下：

确保在编译C内核后运行make install。你声称你这样做了，但我认为为了完整起见，我还是会提到它。
在您的系统上安装pkg-config。
键入pkg-config，检查pkg-config --cflags --libs igraph是否知道igraph的已安装C核心。如果你看到打印到标准输出的一堆编译器选项，你没问题。
再次运行python setup.py install。这次它应该成功调用pkg-config，获取所需的编译器选项，并成功编译Python接口。

如果它仍然不起作用（例如，因为您无法使pkg-config工作），则可以打开setup.cfg并修改include_dirs和library_dirs个变量;前者应指向要找到igraph包含文件的文件夹（通常为/usr/local/include/igraph或/usr/include/igraph，具体取决于您安装C内核的位置），后者应指向文件夹所在的位置libigraph.so是。）

在Fedora 17上安装python-igraph-0.6模块

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