绘制PCA：标记数据点的方法

Question

我可以使用Plot功能。可以使用plot来获得pca结果。但不确定如何根据rownames(Sample)编号为1到90的数据点来标记这些点

Sample<-read.table(file.choose(),header=F,sep="\t")
Sample.scaled<-data.frame(apply(Sample_2XY,2,scale))
Sample_scaled.2<-data.frame(t(na.omit(t(Sample_2XY.scaled))))

pca.Sample<-prcomp(Sample_2XY.scaled.2,retx=TRUE)

pdf("Sample_plot.pdf")
plot(pca.Sample$x)
dev.off()

Answer 1

这是一种简单的方法，绘制前两个组件：

plot( pca.Sample$x[,1], pca.Sample$x[,2] )
text( pca.Sample$x[,1], pca.Sample$x[,2], rownames( Sample ), pos= 3 )

顺便说一句，您可以使用常规设备随时查看图表，然后将该设备的内容复制到PDF：

dev.copy2pdf( file= "something.pdf" )