我有一些非常大的文件和一个没有大量空间的服务器，而且解压这些文件需要花费很多时间，所以我希望使用zcat作为函数的输入？
我一直在使用的是
$ zcat file1 | samtools view -bS > outputfile
file1是压缩文件，输出文件显然是samtools中视图函数的输出。对samtools的输入通常介于-bS和＆gt;之间。
我上面的内容不起作用，有什么帮助吗？ 感谢
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您可能需要将“ - ”作为samtools的参数，以使其从标准输入而不是文件中读取：
zcat file1 | samtools view -bS - > outputfile
答案 1 :(得分：0)
文件是压缩还是GZip？如果是前者，zcat将不会执行任务。您需要使用以下语法解压缩：
unzip -p file1 | samtools view -bS - > outputfile