Question

可能重复：
R: show source code of an S4 function in a package

我下载了一个包（GEOquery）并正在玩一些功能。其中一个名为Table，根据我的理解，它可以将S4数据集制成表格。

E.g。

> summary(GDS2853) # GDS2853 is a dataset I downloaded from NCBI 
Length  Class   Mode 
     1    GDS     S4

getAnywhere(Table)显示

> getAnywhere(Table)
A single object matching ‘Table’ was found
It was found in the following places
  package:GEOquery
  namespace:GEOquery
with value

function (object) 
standardGeneric("Table")
<environment: 0x06ad5268>
attr(,"generic")
[1] "Table"
attr(,"generic")attr(,"package")
[1] "GEOquery"
attr(,"package")
[1] "GEOquery"
attr(,"group")
list()
attr(,"valueClass")
character(0)
attr(,"signature")
[1] "object"
attr(,"default")
`\001NULL\001`
attr(,"skeleton")
function (object) 
stop("invalid call in method dispatch to \"Table\" (no default method)", 
    domain = NA)(object)
attr(,"class")
[1] "standardGeneric"
attr(,"class")attr(,"package")
[1] "methods"

我想了解Table的代码，以便了解如何制作GDS数据集，因为data.frame和as.list无法强制{{1} } class - 虽然我可以通过例如

制表GDS数据集

S4

我按照其他帖子的建议尝试了GDS_table=Table(GDS2853)[1:20000,1:20] #GDS2853 contains 20 columns and approx 17000 rows，但下面是我得到的

getMethods

我还尝试通过放入> getMethod("Table") Error in getMethod("Table") : No method found for function "Table" and signature来指定“where”，但显然package=:GEOquery是未使用的参数。

不知道我做错了什么，以便无法查看package的源代码。

Answer 1

从您发布的输出中，看起来Table是S4泛型。

要查看其S4方法的列表，请使用showMethods()。要查看特定方法，请使用getMethod()，传入所需方法的“签名”以及函数名称。（'签名'是由参数的类组成的字符向量，通用Table执行其方法调度。即，如果您将执行Table(GDS2853)，签名可能是class(GDS2835)）

以下是获取 sp 包中S4方法代码的示例：

library(sp)

showMethods("overlay")
# Function: overlay (package sp)
# x="SpatialGrid", y="SpatialPoints"
# x="SpatialGrid", y="SpatialPolygons"
# x="SpatialGridDataFrame", y="SpatialPoints"
# x="SpatialGridDataFrame", y="SpatialPolygons"
# x="SpatialPixels", y="SpatialPoints"
# x="SpatialPixelsDataFrame", y="SpatialPoints"
# x="SpatialPoints", y="SpatialPolygons"
# x="SpatialPointsDataFrame", y="SpatialPolygons"
# x="SpatialPolygons", y="SpatialGrid"
# x="SpatialPolygons", y="SpatialPoints"

getMethod("overlay", signature=c("SpatialGrid", "SpatialPoints"))

Answer 2

在您的示例中，它将是：

getMethod("Table", "GEOData")

您可能还对如何获取S4方法的帮助文档感兴趣，这些方法需要同样不寻常的调用：

method?Table("GEOData")

通常，使用S4，您需要

功能名称
用于

如果你对后者感到茫然：

class(object)

将返回该课程，您也可以这样做：

showMethods("Table")

显示所有当前可用的方法。或者，我发现我经常使用：

findMethods("Table")

原因是findMethods返回特定函数的所有方法的列表。类可以有很长的名字，我发现我经常错误/错误地将它们误解为快速黑客，findMethods("functionname")很方便。当然，由于打印列表可能很长，它也可能会让您厌倦了许多方法的泛型函数。

显示R中包中函数的源代码

2 个答案: