Question

我从Writing R Extensions手册中读到了一些内容，但我无法弄明白这一点 - 我在哪里将-fopenmp标志放在makevars中？我可以设置

PKG_FCFLAGS = -fopenmp

编译好。但我不确定是否应该为PKG_LIBS和PKG_CPPFLAGS设置它？

当我尝试PKG_LIBS时，它会给我一个错误

i686-apple-darwin8-gfortran-4.2: libgomp.spec: No such file or directory

但是如果我只是在PKG_FCFLAGS中使用它，那么即使它编译得很好，当我尝试使用R中的例程时，它会说

Error in dyn.load("correlate.so") : 
unable to load shared object '/Users/Steven/Documents/PhD/npsR/correlate.so':
dlopen(/Users/Steven/Documents/PhD/npsR/correlate.so, 6): Symbol not found: _GOMP_parallel_end
Referenced from: /Users/Steven/Documents/PhD/npsR/correlate.so
Expected in: dynamic lookup

很明显，gomp库没有正确链接。有什么想法吗？

干杯。

Answer 1

Luke Tierney的pnmath包http://homepage.stat.uiowa.edu/~luke/R/experimental/使用OpenMP并在其Makevars中包含以下内容：

PKG_CFLAGS=-fopenmp
PKG_LIBS=-lgomp

和Makevars.win：

PKG_CFLAGS=-fopenmp
PKG_LIBS=-mthreads -lgomp -lpthreadGC2

你好像在Mac上，所以也许都不行。但设置PKG_LIBS=-lgomp看起来很重要。

Answer 2

所以我已经解决了这个问题（尽管我现在已经开辟了另一种蠕虫......）。我不确定完全我做了什么解决了这个问题，但我会列出我在这里做了什么。

在发现fortran程序本身无法编译并与openMP链接（根本不在R中）时，我认为这与gfortran安装有关。所以我做的是：

卸载R
卸载了gfortran
从http://r.research.att.com/tools/gcc-42-5666.3-darwin11.pkg
安装了更新的gcc + gfortran（gfortran v4.2.4）
已安装R 2.15.1
在PATH = /usr/bin:$PATH

.bash_profile

在Makevars中设置两行：PKG_FCFLAGS = -fopenmp和PKG_LIBS = -fopenmp。看来这两者都是必要的。

然后它奏效了！顺便说一下，这是在OS X 10.7（Lion）上。

感谢大家的帮助。

在fortran和R中使用openMP - 我在哪里设置-fopenmp？

2 个答案: